Революции и гражданская война породили хаос и разрушили сложившееся равновесие в мусульманских обществах и в Центральной России, и на Северном Кавказе. Идея пантюркизма не могла быть поддержана суннитами Северного Кавказа, поскольку противоречила этноконфессиональной принадлежности кавказских народов (азербайджанцы — шииты, но тюрки; северокавказцы – сунниты, но в большинстве своем не тюрки). В смутные годы гражданской войны на политической карте Северного Кавказа вновь появляются религиозные по форме новообразования: имамат во главе с имамом Наджм ад-Дином ал-Гуци (Наджмутдин Гоцинский) в аварских районах Дагестана, эмират даргинского шейха Узун-хаджжи с центром в чеченском селении Ведено и т.д. Однако в целом политическая ситуация в регионе под влиянием самых различных факторов (в том числе благодаря быстрой адаптации ислама к новым реалиям) стала развиваться в направлении светских моделей, хотя новые политические модели все еще включали в себя значительный религиозный компонент. В этот период появляются такие движения, как, например, «исламские большевики». Во всех советских автономиях была создана своя иерархия шариатских судов и официально закреплена в постановлениях государственных органов. С утверждением советской власти во всех этнокультурных областях Кавказа сложились условия, препятствовавшие свободному развитию всех религий, в том числе и ислама. Как и по всей стране, любая форма религиозной пропаганды была запрещена, богословские книги безжалостно предавались огню, мечети разрушались либо приспосабливались под хозяйственные нужды, служители культа подвергались массовым репрессиям. В горах Северного Кавказа советская власть утверждалась в жестком противостоянии традиционным суфийским структурам. Насильственная депортация чеченцев, ингушей, балкарцев, карачаевцев и некоторых других северокавказских народов в годы Великой Отечественной войны обусловила дальнейшую внутриконфессиональную эволюцию местных обществ, с одной стороны, и усиление различий между отдельными этническими группами – с другой, в результате чего сформировался ряд закрытых родовых обществ со многими выраженными признаками этноконфессиональных групп. В годы советской власти мусульманские области Российской империи впервые в своей истории оказались по-настоящему оторванными от остального мусульманского мира, в результате их эволюционное развитие в рамках этого мира было прервано. Арабский язык стал постепенно утрачивать функции языка науки, делопроизводства, переписки. Вместе с тем впервые в истории Кавказа на его территории сложилось почти полное двуязычие. Языком межнационального общения стал русский язык, причем масштабами применения он превзошел все прежние языки, когда-либо претендовавшие на эту роль. В духовной сфере возобладала массовая атеизация населения, характер которой, однако, не был абсолютным: часть религиозного наследия продолжала признаваться в качестве культурного и духовного достояния социалистических народов. На самых различных уровнях общественного сознания внедрялись основы коммунистической идеологии и морали, материалистической в мировоззренческом отношении и идеалистической в своей социальной сущности. Вместе с тем беспрецедентно насильственная секуляризация способствовала широкому признанию ценностей гражданского общества, изменился традиционный уклад жизни, появилась светская интеллигенция, относящаяся к исламу как к факту собственной культуры. В период Великой Отечественной войны намечается определенная либерализация в религиозной политике советской власти, в том числе и по отношению к исламу. В результате этих процессов в послевоенный период сформировалась структура управления религиозными делами мусульман, сохранившаяся до начала 1990-х гг. и включавшая четыре Духовных управления мусульман – Средней Азии и Казахстана с резиденцией в Ташкенте, европейской части СССР и Сибири с резиденцией в Уфе, Северного Кавказа с резиденцией в Махачкале и Закавказья с резиденцией в Махачкале. Из них первые три (Суннитские) возглавлялись муфтиями, а последнее (Шиитское) – шейх-уль-исламом.