Избираемые местным населением духовные лица должны были подвергаться достаточно сложной и строгой бюрократической проверке их богословской подготовки и политической благонадежности и утверждаться в должности государственной властью. Сначала в соответствующем Духовном собрании или управлении претенденты сдавали экзамен по теории и практике ислама, по итогам которого присуждались духовные звания, что удостоверялось особыми свидетельствами. Затем документы кандидата (утвержденный волостным правлением приговор сельского общества, выписка из журнала заседания Духовного собрания или управления, а для находившихся в ведении Оренбургского собрания с 1891 г. также и свидетельство уездных училищных советов о знании им русского языка) поступали на утверждение губернского правления. Здесь главное внимание обращали на политическую лояльность будущего духовного пастыря. При отсутствии каких-либо компрометирующих сведений ему выдавали именной императорский указ о назначении на искомую должность. С момента получения указа на руки избранное мечетским обществом (махалла) духовное лицо становилось муллой, муэдзином и т.д. и могло приступать к исполнению своих обязанностей. Однако такой порядок утвердился далеко не стразу: еще в начале 1880-х гг. в отдельных местностях Урало-Поволжья, не говоря уже о других восточных окраинах империи, встречались «безуказные» (т.е. неофициальные) «люди религии». Тем не менее, именно в конце XVIII в. реформы Екатерины II дали толчок структуризации и бюрократизации мусульманского духовенства на Российском Востоке. С этого момента началось юридическое оформление мусульманского духовенства как привилегированной прослойки, встроенной в государственные структуры. Деятельность Духовного собрания и управлений была целиком подчинена государственным интересам. Основной их задачей были контроль над мечетскими служителями и проведение в жизнь различных постановлений правительственных структур. Однако объективно официальные мусульманские инстанции способствовали консолидации мусульман Российской империи, что вызывало серьезную обеспокоенность близких к православной церкви политических кругов. После Февральской революции 1917 г. общественное движение российских мусульман заметно активизировалось. В мае 1917 г. в Москве прошел Всероссийский мусульманский съезд, на котором было сформировано духовное управление мусульман России, в советское время получившее наименование духовное управление мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС). Второй съезд мусульман собрался в июле 1917 г. в Казани, на котором присутствовали преимущественно представители Волжско-Уральского региона. Одновременно там же прошли съезд мусульманского духовенства и мусульманский военный съезд, сформировавший Мусульманский военный совет (Военное шуро). Созванное в ноябре 1917 г. в Уфе Национальное собрание штата Идель-Урал приступило к формированию национальной администрации. Однако в условиях начинающейся гражданской войны этим планам не суждено было осуществиться. В апреле 1918 г., после взятия Казани и Уфы Красной Армией, все органы национальной администрации и национальные организации были ликвидированы. В первые годы после Октябрьской революции предпринимались попытки достижения компромисса между советской властью и исламом. Так, в 1920-е гг. на Кавказе и в Средней Азии наряду с государственными сохранялись шариатские и адатные (обычно-правовые) суды, некоторые представители мусульманской интеллигенции выдвигали проекты адаптации марксизма к реалиям мусульманского общества (концепция «мусульманского коммунизма»). Предпринимались также попытки использовать мусульманское движение для расширения геополитического влияния Советской России на Ближнем и Среднем Востоке. Однако большая часть исламских религиозных деятелей в конечном итоге перешла в оппозицию к советской власти, что привело с конца 1920-х гг. к бескомпромиссной борьбе власти с «пережитками ислама» и вызвало басмаческое движение, которое в отдельных районах не удавалось подавить вплоть до 1940-х гг.