Однако эти официально признанные структуры удовлетворяли лишь небольшую часть религиозных запросов советских мусульман и, несмотря на законодательное отделение религии от государства, зачастую выступали как органы проведения государственной политики по отношению к исламу. Вместе с тем, значительное влияние сохраняли неофициальные религиозные деятели (так называемый внемемечтный ислам), многие из которых были представлены наставниками членами суфийских братств (тарикат). Начало качественно новому этапу в эволюции местных форм ислама положило крушение советской системы. С развитием процессов реисламизации значительно усиливаются внутрирелигиозные противоречия в мусульманских общинах региона. Как и во все переломные эпохи, обострение противоречий между приверженцами «чистого», «фундаменталистского» ислама (так называемыми ваххабитами) и «народного» ислама приобретает крайние формы, его апогей последнего десятилетия – события в Чечне. Еще на рубеже 1970–1980-х гг. в рамках «внемечетного ислама» возникают диссидентские фундаменталистские группы различной ориентации, объединенные их оппонентами общим ярлыком «ваххабиты» (в силу предполагаемого сходства их взглядов с идеями ваххабитского религиозно-политического движения в Аравии в XVIII–XX вв.). Распад СССР повлек за собой разложение централизованной системы Духовных управлений мусульман, из каждого Духовного управления выделилось по несколько самостоятельных муфтиятов. Только Духовное  управление мусульман Закавказья (ныне – Кавказа) сохранило видимое единство. В этой ситуации резко повысилась роль «внемечетного ислама», как его традиционалистского, так и фундаменталистского крыла. В 1990 г. на базе неформальных фундаменталистских групп была создана Всесоюзная исламская партия возрождения, также распавшаяся на несколько региональных партий, многие из которых принимали и принимают активное участие в современных территориальных и политических конфликтах на постсоветском пространстве. Кроме того, в 1990-е гг. наблюдалась заметная радикализация фундаментлистских движений и распространение экстремистских религиозно-политических идей в России и на постсоветском пространстве. После распада Духовного управления мусульман европейской части СССР и Сибири (ДУМЕС) и Духовного управления мусульман Северного Кавказа на территории Российской Федерации образовалось несколько десятков самостоятельных Духовных управлений         мусульман (муфтиятов). Большая часть их объединена в две конкурирующие между собой структуры – Центральное Духовное управление мусульман (с центром в Уфе), считающее себя идейным и юридическим преемником Оренбургского магометанского собрания и ДУМЕС, и Совет муфтиев России с центром в Москве. Также действует Координационный центр мусульман Северного Кавказа. Главное отличие нового этапа в эволюции ислама на Северном  Кавказе – развитие его локальных форм в рамках неисламского, светского (в том смысле, что в этот период в России церковь была уже фактически подчинена государству, а затем и отделена от него), гражданского и индустриального общества. Современная реисламизация началась вместе с национальным и религиозным возрождением постперестроечного периода. Лагерь «народного ислама» представлен влиятельными шейхами северокавказских вирдов накшбандийа и кадирийа, оппонентами выступают идеологи «вахха­бизма», их последователи и сторонники. Багаутдин Кебедов (главный идеолог «ваххабитов» на Северном  Кавказе, который происходит, однако, из суфийской (кадиритской) среды) выступил с резкой критикой суфизма, «искажений» ислама со стороны «самозваных шейхов». Его религиозно-политические взгляды претерпели заметную эволюцию в сторону радикализации под влиянием событий чеченской войны; в его проповедях, посвященных критике суфизма, прозвучала новая трактовка идеи джихада. Обвинения местных «ваххабитов» в адрес суфийских шейхов в соглашательстве с властями имеют в своей основе глубокий внутриконфессиональный конфликт: суфийские шейхи, влияющие на горские общины (джамаат), представляют сложившийся в течение столетий «народный ислам», задача же «ваххабитов», взращенных на чуждой идеологической почве, – отвоевать авторитет и влияние у суфийских шейхов и ниспровергнуть местные власти.