Биографы часто упоминают о широких познаниях имама аш-Шафии в области медицины (тибб), физиогномики (фираса), а также о том, что некоторое время он интересовался астрологией (нуджум). На протяжении многих лет вопрос о вероубеждениях имама является объектом пристального внимания. Опровергая в своих работах «сторонников калама» (ахль калам), к которым в то время причисляли мутазилитов, имам аш-Шафии касался юридических вопросов, а не богословских. Мухаммад аш-Шафии считал необходимым установление Халифата (Имамата). Он считал, что халифом должен быть представитель племени курайшитов. Халиф должен править справедливо на основе шариата. Если кто-то силой захватит власть у халифа-курайшита, но затем станет справедливым правителем и добьётся поддержки народа, то его правление станет законным. Идеальным правлением он считал методы Праведных халифов, к которым он, как полагают исследователи, относил и омейядского халифа Умара ибн Абду-ль-Азиза. В вопросе противостояния Али ибн Абу Талиба с Муавией ибн Абу Суфьяном имам аш-Шафии считал законным халифом Али и подвергал критике хариджитов, выступивших против халифа. Мухаммад аш-Шафии был автором первого сочинения по усуль аль-фикху («основам юриспруденции»). Свою книгу «Ар-Рисаля» он написал, как полагают исследователи, по просьбе басрийского традиционалиста Абду-р-Рахмана ибн Махди (ум. в 813 г.). Сохранившиеся на сегодняшний день две рукописи, скорее всего, как полагают исследователи, были написаны в Египте и отразили окончательный этап в правовой мысли аш-Шафии, который существенно отличается от иракского этапа (ар-Рисаля аль-кадим). В нём впервые систематизированы источники права и сформулированы принципы методологии, которой необходимо строго придерживаться при вынесении правовых предписаний. Разработанные имамом аш-Шафии принципы вынесения правовых предписаний (истинбат) получили название усуль аль-фикх. «Ар-Рисаля» записана Абу Якубом аль-Бувайти и дополнена и перекомпонована другим учеником имама – ар-Раби ибн Сулейманом. Основная идея, высказанная имамом аш-Шафи в «Ар-Рисале», заключается в том, что каждому действию верующего (мукалляфа) соответствует узаконенное предписание (хукм), указанное в Коране и сунне (асль). Если в Коране и сунне отсутствует ясное указание, то предписание выводится с помощью суждения по аналогии (кияс). Основные достижения имама аш-Шафии заключаются в определении сунны и систематизации кияса. Что касается сунны, то здесь имам аш-Шафии разделил высказывания и действия пророка Мухаммада на строгие изречения (акваль), действия (афаль) и молчаливое согласие (икрар). Мухаммад аш-Шафии критиковал конформизм (таклид) маликитов, которые применяли в качестве шариатского источника обычаи жителей Медины. Что касается кияса, отождествляемого с иджтихадом, то имам аш-Шафии делил его на «кияс дела» (кияс аль-мана) и «кияс сходства» (кияс аль-хиля или кияс аш-шабах). Для обоих видов кияса важно обязательно полагаться на юридические доказательства (дались), которые иногда бывает трудно определить.