Приехав в Мекку, аш-Шафии раздал половину своих богатств беднякам и организовал кружок в Запретной мечети. В 811 г. аш-Шафии вернулся в Багдад, чтобы начать преподавание. В столице Халифата он обрёл большую популярность и уважение самых широких слоёв общества. Здесь же, в Багдаде, была написана первая версия книги «ар-Рисаля» и другие сочинения, которые относятся к «старой школе мысли» («мазхаб аль-кадим»). В 813 г. он вернулся в Мекку, но через год снова выехал в Багдад. Исследователи полагают, что в этот период пребывания в Мекке аш-Шафии встречался с Ахмадом ибн Ханбалем (ум. в 855 г.), но, несмотря на обилие связывающих из обоих рассказов, исследователи считают маловероятным, что они были близко знакомы. В 815/816 г. имам аш-Шафии уехал в Египет. По одной версии, ему пришлось покинуть Багдад из-за аббасидского халифа аль-Мамуна, который порицал аш-Шафии за склонность к шиизму. По другой версии, хиджазские маликиты и иракские ханафиты не желали распространения школы аш-Шафии; по совету аш-Шайбани, аш-Шафии отправился в Египет (Фустат) для распространения своего мазхаба. Маликитская семья Бану Абду-ль-Хакам первоначально приняла его хорошо, посчитав его, как полагают исследователи, учеником имама Малика. Один из самых ярых последователей имама аш-Шафии в Египте Мухаммад ибн Абдуллах ибн Абду-ль-Хакам (ум. в 881 г.) через некоторое время вернулся в ряды маликитов и написал «опровержение» Мухаммаду аш-Шафии. Вскоре египетские маликиты стали критиковать аш-Шафии и безуспешно пытались изгнать его с помощью властей. Живя в Египте, аш-Шафии глубоко изучил мазхаб имама аль-Лайса ибн Сада и пересмотрел многие свои прежние позиции по вопросам права, сформировав так называемую «новую школу мысли» («мазхаб аль-джадид»). Мухаммад аш-Шафии читал лекции в «венце мечетей» мечети Амра ибн аль-Аса. Его египетские ученики успешно конкурировали с доминировавшими в то время маликитами. Здесь он написал новую (сохранившуюся) версию «Ар-Рисаля» и большинство сочинений, вошедших в «Китаб аль-умм». Мухаммад аш-Шафии умер в Каире в последний день месяца раджаб 204 г. по Хиджре (20 января 820 г.). Обстоятельства его смерти остаются неопределёнными: по одним данным, он умер в результате жестокого нападения от рук фанатично настроенных маликитов, по другим – из-за болезни. Погребальную молитву возглавил правитель Египта. На похоронах присутствовали двое его сыновей – Мухаммад и Усман. Имама аш-Шафии похоронили в гробнице племени Бану Абду-ль-Хакам у подножия горы Мукатрам. Архитектурный комплекс, окружающий его гробницу, был воздвигнут при Айюбидах. Со временем его гробница вместе с близлежащей гробницей имама аль-Лайса и других богословов стала объектом паломничества мусульман. Мухаммад аш-Шафии был дважды женат. У него было четверо детей: сыновья Абу Усман Мухаммад (судья Алеппо) и Абу-ль-Хасан Усман, дочери Фатима и Зайнаб. Вероубеждения аш-Шафии соответствовали положениями суннитского ислама и основывались на явных и ясных смыслах Корана и сунны. Он отказывался рассуждать на эти темы и не допускал вмешательство разума в вопросы основополагающих принципов ислама. Он является автором сочинения по усуль аль-фикху (ар-Рисаля), фикху (аль-Худжа, аль-Умм, Ахкам аль-Куран) и хадисоведению (Муснад, Ихтиляф аль-хадис).