Вице-председателем постоянного Синода Архиерейский Синод может назначить старейшего по хиротонии епископа. В период между сессиями постоянный Синод является высшим органом церковной власти и имеет всю полноту власти Архиерейского Синода, за исключением права предлагать трёх кандидатов для избрания архиепископа. Судебная власть постоянного Синода ограничена тем, что Архиерейский Синод рассматривает апелляционные жалобы на приговоры постоянного Синода и выносит по ним окончательные решения. Постоянный Синод координирует также деятельность постоянных синодальных комитетов, руководит деятельностью духовных школ и богословских факультетов, утверждает церковный бюджет, издаёт официальные бюллетени. Генеральная церковная ассамблея состояла из непременных и избираемых членов. Её непременными членами являлись архиепископ Афинский (председатель), все епископы, находящиеся на кафедрах, секретари постоянного Синода, генеральные директоры церковных учреждений и секретари – директоры постоянных синодальных комитетов. Избираемыми членами ассамблеи являлись представители от епархий: по одному члену и по одному заместителю из мирян. Генеральная церковная ассамблея созывалась на одну сессию в году. Чрезвычайная сессия созывалась по решению постоянного синодального комитета или по письменному заявлению трети избираемых членов ассамблеи. Генеральная церковная ассамблея решала финансовые и хозяйственные вопросы церковной жизни, обсуждала церковный бюджет, защищала материальные интересы Элладской церкви; выносила на рассмотрение Архиерейского Синода предложения об изменении границ и названий епархий; обсуждала канонические способности кандидатов на архиерейские кафедры. В период между сессиями Генеральной церковной ассамблеи её полномочия принадлежали ответственному перед ней Центральному церковному совету, который состоял из председателя (архиепископа) и вице-председателя постоянного Синода, а также генеральных директоров церковных учреждений в качестве его непременных членов. Избираемыми членами совета являлись два пресвитера и четыре мирянина вместе с заместителями, избираемыми на три года Генеральной церковной ассамблеей. Синодальная администрация включает синодальные службы: главный секретариат, исторический архив, библиотеку и др.; синодальные комитеты: Комитет по догматическим и каноническим вопросам, Комитет по христианской этике и делам молодёжи, Комитет по межправославным и межхристианским связям, Комитет церковного образования и подготовки клира, Комитет по связям со средствами массовой информации и общественностью и др.; специальные синодальные комитеты: Комитет по литургическому возрождению, Комитет по правам человека, Комитет по делам Академии церковного искусства и др.