Главой Болгарской православной церкви является Святейший Патриарх, который носит также титул митрополита Софийского. Патриарх, согласно Уставу Болгарской православной церкви 2001 г., должен быть не моложе 50 лет; он избирается из числа митрополитов, не менее пяти лет управлявших епархией. Избрание патриарха совершается на Избирательном церковно-народном Соборе, в состав которого входят все епархиальные архиереи и по семь представителей от каждой епархии: три клирика и четыре мирянина (от Софийской епархии – шесть клириков и восемь мирян), один представитель от ставропигиальных монастырей из числа их игуменов – настоятелей, в состав избирательного Собора входят также представители духовных школ, братств и других учреждений. После освобождениия Патриаршего престола председателем Святейшего Синода становится старейший по продолжительности управления епархией митрополит, входящий в малый состав Синода. Он возглавляет церковь в течение семи дней до избрания наместника – председателя Святейшего Синода. Избрание патриарха должно состояться не позже чем через четыре месяца после освобождения Патриаршего престола. Болгарский патриарх председательствует на заседаниях Святейшего Синода в полном и малом составе, а также на заседаниях архиерейского Собора и церковно-народного Собора. Следит за точным исполнением постановлений высших органов церковной власти. Патриарх представляет Болгарскую церковь в сношениях с государственной властью и другими православными церквами. Пользуется преимуществом чести перед всеми болгарскими архиереями и носит титул «Святейшества». Вместе со Святейшим Синодом патриарх рукополагает епископов на кафедры Болгарской церкви, освящает св. миро; управляет церковными общинами, находящимися за пределами Болгарии. Патриарх не решает ни одного вопроса без ведома Синода, но и Синод не может решить ни одного вопроса без ведома патриарха или его заместителя, которым принадлежит высшая исполнительная власть в церкви. Как и всякий архиерей, патриарх подлежит суду Святейшего Синода в полном составе. Святейший Синод в полном составе включает всех епархиальных архиереев Болгарской церкви. Епархиальные архиереи имеют сан митрополитов. Синод собирается ежегодно, а в случае необходимости может быть созван на чрезвычайную сессию в любое время. Святейшему Синоду принадлежит высшая церковная власть. Он несёт попечение о единении Болгарской церкви с Вселенским православием, следит за чистотой проповедуемого в церкви православного учения, за правильным совершением таинств и богослужений. Синод обладает правом рукоположения епископов и избрания митрополитов, приготовления св. мира, канонизации святых.