Верховный Церковный совет распоряжается общецерковным и синодальным имуществом и денежными средствами, управляет церковным хозяйством; предоставляет на утверждение Синода в полном составе проект церковного бюджета. Все решения Верховного церковного совета вступают в силу после их одобрения Святейшим Синодом в малом составе. Если Синод в малом составе отклоняет решение Верховного церковного совета, то оно рассматривается Синодом в полном составе, вывод которого является окончательным. Верховный церковный совет отчитывается за свою деятельность перед церковно-народным Собором. Официальное наименование Кипрской церкви – Греческая Православная Кипрская Церковь. Её главой является Архиепископ Новой Юстинианы и всего Кипра, резиденция которого находится в Никосии. Высшая власть в Кипрской церкви принадлежит Священному Синоду, состоящему из десяти архиереев: председателя – архиепископа, пяти митрополитов, трёх хорепископов и епископа. Устав Кипрской церкви предусматривает возможность созыва чрезвычайного Синода для рассмотрения судебного дела, связанного с извержением из сана епископа, в том случае когда осуждённый Синодом (а для этого требуется единогласное решение, при этом, конечно, подсудимый, даже если он член Синода, права голоса не имеет) не согласен с вынесенным приговором. Для участия в чрезвычайном заседании Синода приглашаются представители четырёх восточных патриархов и Синода Элладской церкви. Если одна из церквей, к которым обращаются в таком случае, по тем или иным причинам отказывается прислать представителя, то кипрский Синод обращается с аналогичной просьбой к какой-либо иной автокефальной церкви. Судебное решение, принятое чрезвычайным Синодом с участием кипрских митрополитов и представителей других церквей, носит окончательный и безапелляционный характер. Элладская церковь имеет статус государственной. Статья 3 Конституции Греческой Республики провозглашает: «Господствующей Церковью является религия Восточно-Православной Церкви Христовой. Православная Греческая Церковь, признающая своей Главой Господа нашего Иисуса Христа, неразрывно связана в своих догматах с великой Константинопольской Церковью и со всякой другой единоверной Церковью Христовой, неуклонно соблюдающей, как и она, святые апостольские и соборные каноны и священные Предания. Она является автокефальной и управляется Священным Синодом, включающим всех епископов по должности, и образуемым им Святым Синодом, как это указано в уставе Церкви и в соответствии с положением Патриаршей книги от 29 июня 1850 г. и акта Синода от 4 сентября 1928 г.». Часть территории Греции не находится в каноническом ведении Элладской церкви, входя в состав Константинопольского патриархата, но в административном порядке большая часть епархий на этой территории подведомственна высшей власти Элладской церкви.