В Элладской церкви высшая власть принадлежит Священному Архиерейскому Синоду, Постоянному Синоду и Генеральной церковной ассамблее (ныне не созывается). Высшими исполнительными органами являются Центральный Церковный совет и синодальная администрация. Возглавляет эти органы их председатель Блаженнейший Архиепископ Афинский и всей Эллады, власть которого вне пределов его епархии не выходит за границы председательства в высших органах церковной власти, его статус в известной мере аналогичен статусу первенствующего члена Святейшего Синода РПЦ в синодальную эпоху. Архиепископ Афинский избирается из числа трёх кандидатов, предложенных Священным Архиерейским Синодом, глава государства по представлению Совета министров. Священный Архиерейский Синод состоит из председателя – архиепископа Афинского и всех епархиальных епископов. В Элладской церкви епархиальные архиереи носят титул митрополитов. Священный Архиерейский Синод обязан хранить единство веры и поддерживать церковное общение с Константинопольским патриархатом, другими патриархатами и всеми автокефальными православными церквами; решает вопросы, касающиеся догматов, христианской нравственности, св. канонов и богослужения; следит за соблюдением церковной дисциплины; осуществляет высший надзор за деятельностью органов церковного управления; контролирует деятельность всех епископов и епархиальных учреждений. При избрании архиепископа Афинского Архиерейский Синод предлагает трёх кандидатов на эту должность. Синод рассматривает жалобы епископов, являясь апелляционным судом по этой категории дел. По предложению постоянного Священного Синода он назначает председателей и членов постоянных синодальных комитетов. При обсуждении особенно важных церковных дел в заседаниях Синода могут участвовать викарные, титулярные архиереи и епископы, находящиеся на покое, но без права решающего голоса. Священный Архиерейский Синод открывает заседания 15 ноября каждого года. В случае когда на сессии не удаётся принять окончательное решение, то голосами двух третей членов Синода принимается постановление о созыве сессии Синода 16 февраля. Священный Архиерейский Синод собирается на сессию, если решение об этом будет принято постоянным Священным Синодом, или если этого пожелает половина от общего числа епископов, находящихся на кафедрах. Сессия Синода продолжается не более 15 дней. Для продления сессии ещё на 10 дней требуется согласие двух третей членов Синода. Постоянный Священный Синод состоит из председателя – архиепископа Афинского и 12 митрополитов, избираемых на один год Священным Архиерейским Синодом, при этом половина его членов – представители епархий на канонической территории Элладской церкви (так называемых старых территорий), а другая половина – представители епархий, канонически составляющих часть Константинопольского патриархата (так называемых новых территорий).