На религиозную общину возлагались все затраты на содержание храма, включая страховые и налоговые сборы, хотя раньше (в п. 6) говорилось, что храм предоставляется верующим в бесплатное пользование. Представители местного совета получали право осмотра храма в любое внебогослужебное время. Инструкция запрещала совершение религиозных обрядов и церемоний в государственных и иных публичных общественных помещениях, в них также запрещалось размещать какие-либо религиозные изображения. Религиозные уличные шествия допускались лишь с разрешения местных советов. Из храмов предписывалось изъять все предметы, «оскорбляющие революционное чувство трудящихся масс». Инструкция повторяла запрет декрета от 20 января 1918 г. на преподавание религиозных вероучений в государственных, общественных и частных заведениях, но допускала это в специальных богословских учебных заведениях. Инструкция предписывала изъять из храмов и передать в отделы ЗАГС метрические книги за все годы, хранившиеся в городских и сельских храмах. Вступление в силу инструкции НКЮ «О порядке проведения в жизнь декрета “Об отделении церкви от государства и школы от церкви”» было воспринято поместным Собором, который провёл летом 1918 г. заключительную третью сессию, как начало качественно нового этапа в истории страны и церкви. На следующий день после публикации Инструкции, 31 августа, было созвано экстренное закрытое заседание Собора. Открывший заседание митрополит Арсения (Стадницкий) сказал, что ожидания обещанного большевиками пересмотра положений декрета «Об отделении Церкви от государства...» не оправдались: «...Оказалось, что появлявшиеся в последнее время декреты относительно Церкви были как бы подготовительной ступенью к тому решительному распоряжению, которое появилось вчера. Вчерашний декрет является завершением всей церковной политики настоящей советской власти..., если до настоящего времени мы претерпевали гонения, устраиваемые кустарным способом в зависимости от того или другого правителя, то теперь гонения получат законную силу». На заседании было доложено, что В.Д. Бонч-Бруевич, к которому представители Собора обратились за разъяснениями в связи со случившимся, сослался на свою некомпетентность в вопросе принятия инструкции НКЮ, в отношении же данных лично им обещаний (например, по поводу сохранения духовных семинарий и домовых церквей) ответил, что это какое-то недоразумение, «покраснел и наёршился». В ходе оживлённой дискуссии на последующих заседаниях членами Собора предлагались различные ответные меры на принятую инструкцию, однако к общему решению прийти не удалось. Епископ Серафим (Александров; впоследствии митрополит), обобщая высказанные мнения, пришёл к выводу, что «признавать инструкцию и руководствоваться в целом ею нельзя, но и сопротивляться невозможно». Для церковных приходов Собор утвердил рекомендации, в которых допустил передачу представителям местных властей описей храмового имущества, но лишь в случае непосредственной угрозы насилия. В условиях гражданской войны и развязанного властями террора у церкви не было возможности воздействовать на большевистских лидеров, кроме публичного выражения своего протеста. 6 сентября 1918 г. поместный Собор принял обращение к советским властям, которое на следующий день было направлено в СНК уже как совместное послание патриарха Тихона (Беллавина) и Собора.