27 января того же года поместный Собор издал «Воззвание к православному народу»: «Православные христиане! От века неслыханное творится у нас на Руси Святой. Люди, ставшие у власти и назвавшие себя народными комиссарами, сами чуждые христианской, а некоторые из них и всякой веры, издали декрет (закон), названный ими о свободе совести, а на самом деле устанавливающий полное насилие над совестью верующих». На следующий день в Москве состоялся грандиозный общегородской крестный ход. Накануне в храмах было оглашено соборное воззвание от 27 января, были проведены разъяснительные беседы с верующими по поводу декрета. Подобная реакция со стороны церкви заставила большевистское руководство, положение которого в тот момент оставалось очень неустойчивым, воздержаться от немедленной реализации ряда положений декрета, что, впрочем, было невозможно и по техническим причинам – из-за отсутствия подзаконных актов с процедурами исполнения положений закона и соответствующих государственных структур. В этих условиях советское руководство в тактических целях пошло на переговоры с назначенной поместным Собором делегацией. 27 марта 1918 г. она была принята представлявшими СНК В.Д. Бонч-Бруевичем, наркомом юстиции Дмитрием Ивановичем Курским и наркомом по делам страхования Марком Тимофеевичем Елизаровым (в его ведение перешли дела упразднённого Хозяйственного управления Синода). Представители СНК заявили, что не могут отступить от принципов отделения церкви от государства, но признали наличие в принятом декрете многих «несовершенств и недоразумений» и пообещали, что «вскоре вопрос будет урегулирован и разъяснён», причём призвали представителей церкви активно участвовать в этом процессе. Соборная делегация восприняла это как готовность советского правительства к сотрудничеству с церковью в исправлении законодательства с учётом церковных интересов. В дальнейшем состоялось ещё несколько встреч представителей СНК и Собора, на которых советские руководители давали заверения, что церковные общины смогут получить права юридических лиц, зарегистрировавшись гражданским образом как общественные организации, что дальнейшая разработка вероисповедного законодательства будет происходить с обязательным участием в этом процессе православной церкви. Подобные обещания советские представители давали и на встречах с делегациями других религиозных конфессий. В соответствии с поручением СНК от 8 апреля 1918 г. НКЮ образовал 13 апреля того же года Особую комиссию по применению декрета об отделении церкви от государства. В состав комиссии вошли представители ряда государственных ведомств. Предполагалось участие в ней и «сведущих лиц» от православных, старообрядцев, католиков, протестантов, армяно-григориан, мусульман и буддистов. Однако вскоре в НКЮ посчитали, что православным духовенством «подготавливается активное противодействие установленному законом отделению церкви от государства», в связи с чем было решено отказаться от привлечения к работе комиссии представителей РПЦ. Переговоры соборной делегации с властями после этого прекратились.