8 мая 1918 г. СНК принял решение об упразднении Межведомственной комиссии и создании вместо неё Отдела Наркомюста РСФСР по проведению в жизнь декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» во главе с П.А. Красиковым. Отдел, за которым закрепилось название «Ликвидационный» (поскольку его основной задачей ставилась полная ликвидация прежней, дореволюционной системы государственно-церковных отношений), вместе со своими территориальными подразделениями при местных органах власти стал основной правительственной структурой, ответственной за проведение религиозной политики в Советской России. Первостепенной задачей отдела была разработка подзаконного акта, позволяющего приступить к практическому применению нового религиозного законодательства. Результатом этой работы стала инструкция «О порядке проведения в жизнь декрета “Об отделении церкви от государства и школы от церкви”», утверждённая Постановлением НКЮ от 24 августа 1918 г. за подписью наркома Д.И. Курского и опубликованная в газете «Известия ВЦИК» от 30 августа того же года. Инструкция состояла из 35 пунктов, разделённых на шесть тематических отделов: о церковных и религиозных обществах; об имуществах, предназначенных для совершения религиозных обрядов; о прочих имуществах; о метрических книгах; о религиозных церемониях и обрядах; о преподавании религиозных вероучений. Инструкция впервые определяла, что под действие декрета «Об отделении церкви от государства...» подпадают все религиозные конфессии: «...Церкви: православная, старообрядческая, католическая всех обрядов, армяно-григорианская, протестантская и исповедания: иудейское, магометанское, буддийско-ламаистское». Однако под собственно церковными и религиозными обществами как объектами применения положений декрета понимались не конфессии в целом, а их низовые общины и организации – «частные религиозные общества, образованные для отправления какого-либо культа». Все церковные и религиозные общества лишались прав юридического лица. Благотворительные и просветительные религиозные общества подлежали закрытию, а их имущество – национализации. Немедленной национализации подлежало всё не изъятое ранее имущество религиозных организаций, не предназначенное специально для богослужебных целей: дома, земли, угодья, промышленные предприятия, подворья, гостиницы, денежные капиталы. Что касается имущества, предназначенного для богослужебных целей (под этим понимались, прежде всего, храмы и молитвенные дома с церковной утварью), то они также подлежали национализации и передаче в распоряжение местных органов советской власти. Чтобы сохранить свой храм, религиозная община должна была подготовить опись предметов религиозного культа, находившихся в храме, и сдать её в местный совет, который передавал храм верующим в бесплатное пользование. Инструкция определяла, что число местных жителей, которые могли получить в пользование храм с богослужебным имуществом, не должно быть меньше 20 человек. Эта группа верующих (так называемая двадцатка) должна была заключить соглашение с местным советом, взяв на себя обязательства по содержанию храма как «доверенного им народного состояния» исключительно «для удовлетворения религиозных потребностей».