Произошедшая после принятия Инструкции от 19 июня 1923 г. законодательная корректировка положений декрета 1918 г. относительно признания централизованных религиозных объединений с самого начала не распространялась на патриаршую церковь. Хотя обновленческий синод и управленческие структуры основных неправославных конфессий были официально зарегистрированы в достаточно короткое время, неоднократные попытки патриарха Тихона (Беллавина) и патриаршего местоблюстителя митрополита Петра (Полянского) добиться от государственных органов регистрации органов высшего церковного и епархиального управления, ссылаясь на инструкцию НКЮ и НКВД от 14 апреля 1923 г., оказались безрезультатными. Только 20 мая 1927 г., т.е. спустя четыре года после принятия соответствующего правового акта, заместитель патриаршего местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) смог получить разрешение на регистрацию Синода и РПЦ (в форме справки административног отдела НКВД о том, что «препятствий к деятельности Синода, впредь до утверждения его, не встречается»). При этом, согласно секретному циркуляру НКВД от 17 ноября 1927 г., административные советы губернских и областных исполкомов при поступлении в них «запросов о регистрации так называемых епархиальных управлений тихоновской ориентации в связи с оформлением так называемого Сергиевского Синода... не регистрируя таковых, вместе с тем не должны и препятствовать их функционированию». С конца 1920 гг. и практически до последних лет существования Советского государства главным законодательным актом, обеспечивавшим реализацию декрета СНК «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», было постановление ВЦИК и СНК РСФСР «О религиозных объединениях» от 8 апреля 1929 г. При этом обеспечивавшее исполнение «ленинского» декрета 1918 г. Постановление ВЦИК от 1929 г. формально имело большую юридическую силу, как принятое высшим органом законодательной власти. 25 октября 1990 г., согласно постановлению Верховного Совета РСФСР о порядке вступления в силу закона РСФСР «О свободе вероисповеданий», декрет «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» был признан утратившим силу.