В 1792 г. Фрэнсис Асбери столкнулся с Джеймсом О'Келли (1735–1826 гг.) и его сторонниками, которые требовали предоставлять проповедникам право обращаться к ежегодной конференции, если они были недовольны своим назначением. Предложение Джеймса O'Келли не было принято большинством участников Генеральной конференции Методистской епископальной церкви, они встали на сторону епископа Фрэнсиса Асбери. Сторонники Джеймса О'Келли создали новую церковную организацию – Республиканскую методистскую церковь. После 1792 г. ежегодные церковные конференции стали региональными, а Генеральная конференция созывалась раз в четыре года. Около 1812 г. в Генеральных конференциях стали принимать участие не все верующие, а только избранные общинами делегаты. Епископ Фрэнсис Асбери активно внедрял в практику методистской церкви созданный Джоном Уэсли институт «разъездных проповедников». Фрэнсис Асбери считал его идеальным для осуществления миссии в большой и малонаселённой стране, где люди жили за много километров друг от друга. Каждый проповедник имел свой округ, он объезжал его верхом за четыре – пять недель, проводя собрания в любом месте и для любого количества людей. По данным, основанным на дневниковых записях Фрэнсиса Асбери, за время служения он проехал больше 400 тыс. км и прочитал больше 16 тыс. проповедей. Результатом этой деятельности стало значительное увеличение числа прихожан (с 1200 человек в год приезда Фрэнсиса Асбери в США до 214 тыс. человек в год его смерти). В 1819 г. методисты создали Миссионерское общество, деятельность которого распространилась на территорию Канады и Новой Шотландии. В 1812 г. насчитывалось 190 тыс. американских методистов, к 1844 г. их число возросло до 1170 тыс., а к 1899 г. превысило 4 млн. человек. В конце XVIII – XIX вв. Методистская епископальная церковь в Северной Америке пережила ряд внутренних потрясений. Расхождения во мнениях по вопросам распределения церковного руководства между духовенством и мирянами, рабства, выработки единой литургии привели к образованию новых церквей. В 1787 г. в Филадельфии (штат Пенсильвания) прихожане-афроамериканцы, возмущённые сегрегацией, создали общину «Свободное африканское общество», во главе которой встали бывшие рабы Р. Аллен и А. Джонс. В 1794 г. организация разделилась: А. Джонс возглавил Африканскую епископальную церковь святого Фомы, Р. Аллен – Бетельскую африканскую методистскую епископальную церковь, здание которой было построено, в основном, на его деньги и освящено епископом Фрэнсисом Асбери. В 1799 г. он впервые в истории США рукоположил афроамериканца Р. Аллена во диакона. Тем не менее, вплоть до решения суда в 1816 г. церковь не была полностью самостоятельной. В апреле того же года в Филадельфии состоялась Национальная конференция африканских методистских общин, где была создана полностью независимая Африканская методистская епископальная церковь, первым епископом которой стал Р. Аллен.