Согласно Мальбраншу, метафизика как высшая из философских наук заключает в себе совокупность общих истин, которые служат основой всех частных наук. В учении о бытии Никола Мальбранш, следуя Рене Декарту, выступал сторонником дуалистической онтологии (см. в ст. Дуализм). Все разновидности сотворённых существ являются модусами материи или духа. Первое метафизическое знание касается существования души, неопровержимо подтверждаемого любым действием, относящимся к области человеческого мышления. Следующий шаг в построении метафизики – исследование вопроса о бытии Бога. Никола Мальбранш отмечал недостаточность доказательств бытия Божия, основанных только на рассмотрении чувственно-воспринимаемых вещей. Апостериорные доказательства опираются на умозаключения, которые никогда не убеждают разум непосредственно. Подлинной очевидностью может обладать лишь такое доказательство бытия Бога, которое почерпнуто из непосредственного созерцания. Подобное созерцание можно надеяться обнаружить только среди данных сознания, во внутреннем опыте. Отстаивая правомерность и необходимость онтологического доказательства бытия Божия, Никола Мальбранш утверждал, что одной идеи бесконечности, присутствующей в человеческом уме, достаточно для доказательства: «Если мыслят о Боге, Он должен существовать. Иное существо, хотя и познаётся, может не существовать. Можно постигать его сущность без его существования, его идею без него самого. Но нельзя постигать сущность бесконечного без его существования». Важнейшие из Божественных свойств Никола Мальбранш считал возможным определить с помощью естественного разума. Верховному существу следует приписывать только те свойства, которые могут быть присущи всесовершенному объекту. К таким свойствам относятся: самодостаточность, неизменность, единство и простота, бестелесность, вечность, всемогущество, необходимость, благость, мудрость, правдивость, справедливость, терпеливость, милосердие. В Боге нет последовательности мыслей, нет прошлого и будущего; Он – вечное настоящее, единым актом мышления Он охватывает всё когда-либо существовавшее и имеющее возникнуть. Никола Мальбранш подчёркивал, что Бог сообщает истины человеческому уму двумя способами: через очевидность, свойственную обычному ходу познания, и через веру. При рассмотрении материального мира очевидность никогда не может быть полной. У человека есть склонность думать, что он окружён внешними телами, однако какой бы естественной ни казалась эта склонность, она всё же не имеет силы очевидности. В своих метафизических суждениях человек не вправе опираться на неё. Существование тел правдоподобно, но не очевидно. Наличие внешнего мира проблематично обосновать с помощью чувств. Чувственные данные никогда не могут быть названы вполне достоверными. Ни собственное тело, ни внешние тела не могут выступать непосредственными объектами познания для человеческого ума. Поэтому не существует никаких непосредственных данных, удостоверяющих наличие, например, мозга, или же иных материальных сущностей. «Несомненно, только вера может нас убедить, что действительно имеются тела».