Поселился в «малой пещере» возле озера Жёлтые Воды, расположенного на восточном берегу Волги. Здесь образовалась монашеская обитель, и был возведён храм во имя Живоначальной Троицы. Слава о монастыре и его настоятеле широко распространилась «в народѣхъ» и среди князей, которые посылали в обитель «от имѣний своихъ». Тогда же «нарекоша бо его Макарий Желтоводский» (Российская национальная библиотека). В 1439 г. обитель была разрушена казанским ханом Улу-Мухаммедом. Большинство монахов были убиты, а Макария увели в плен. Вскоре хан отпустил его, т.к. был наслышан о его праведной жизни и «смиренномудрии», с ним помиловал и других пленных – «до четыредесять мужей, развѣ женъ и дѣтей», но запретил Макарию возвращаться на прежнее место и возобновлять монастырь. Предав земле убитых монахов, Макарийи оставшиеся в живых люди отправились в Галичскую землю. Путь был долгим, беглецы шли «дни многи пустынными и лесными месты, и блатами непроходимыми, страха ради поганых варвар», изнемогая от голода и усталости. Однажды в лесу им встретился лось, но был Петров пост, и до праздника оставалось три дня, поэтому старец велел отпустить лося, отрезав у него ухо. При этом он сказал людям: «Имите вѣру, чада, яко Божий промыслъ не оставит васъ и в онь же день поста разрѣшение придет: в той день и лось вашим рукамъ вданъ будет!» (Российская национальная библиотека). Через три дня, в праздник апостолов Петра и Павла, к ним вышел лось с отрезанным ухом. Когда беглецы пришли в город Унжу, местные жители, наслышанные о Макарии, радостно встретили его, но старец, желая безмолвия, попросил показать ему уединённую пустынь. В 15 верстах от города, на берегу лесного озера Макарий поставил крест и построил келью. Вскоре здесь образовалась обитель. Как игумен монастыря, Макарий пользовался большим авторитетом в русском обществе, о чём свидетельствуют события феодальной войны второй четверти XV в. После того как князь Дмитрий Шемяка, нарушив условия договора, заключил детей ослеплённого им великого князя Василия II Васильевича в угличскую тюрьму вместе с отцом, против Дмитрия Шемяки выступили Рязанский епископ Иона (с 15 декабря 1448 г. – митрополит Киевский и всея Руси), Макарий и игумены других русских обителей. Чувствуя всеобщее недовольство, в сентябре 1446 г. Дмитрий Шемяка созвал в Москве церковный Собор, на котором просил прощения у духовенства. Наиболее активную позицию занял Макарий, «яко труба посреди народа». Мятежному князю он сказал: «...Аще тя простит князь велики, то и мы тебя простим» («Полное собрание русских летописей», том 23). Участники Собора вместе с Дмитрием Шемякой направились в Углич, где состоялось примирение князей: Василий II Васильевич получил в удел Вологду, его семья была освобождена из тюрьмы. Ещё при жизни Макарий был известен чудотворениями: исцелил слепую бесноватую девушку, дочь жителя Унжи Федора. Макарий преставился в городе Унже. Жители перенесли его тело «честно на главах» в Унженский монастырь и там погребли с почестями.