Исследователи полагают, что в том же году (6727 г. мартовский год), когда князь Всеволод Мстиславич «без вины» предпринял попытку отстранить от власти посадника Твердислава, и возникла угроза вооружённого столкновения между новгородскими концами, Митрофан по просьбе Всеволода способствовал примирению враждующих: князь «присла владыку Митрофана с всеми добрыми повестьми; и сведе и(х) владыка в любовь, и крест целова и князь и Твердислав» (Новгородская первая летопись). Последнее деяние Митрофана, отмеченное в летописи, относится к лету 1221 г., когда он после изгнания из Новгорода князя Всеволода Мстиславича участвовал в новгородском посольстве во Владимир-на-Клязьме к святому князю мученику Георгию (Юрию) Всеволодовичу с просьбой дать им на княжение его малолетнего сына Всеволода )Димитрия) Георгиевича (1212–1238 гг.); просьба новгородского посольства была удовлетворена, «владыка и вси мужи одарени бещисла; и ради быша новгородьци, и бысть мир(но)» (Новгородская первая летопись). Митрофан был погребён «в притворе» новгородского Софийского собора, как полагают исследователи, под его Мартириевской папертью. Владычный летописец в связи с этим записал: «Даи Бог его святую молитвою князю и всем новгородцем (многа лета)». В тот же день «въведоша въ двор» (владычный) хутынского монаха Арсения, «мужа добра и зело боящася Бога» (Новгородская первая летопись). Исследователи полагают, что в ситуации длительного отсутствия на Руси митрополита (Киевская кафедра была вакантна с 1220 по 1224/1225 гг.) вопрос о временном местоблюстительстве был заранее согласован с Митрофаном (случаи благословения умирающими иерархами своих преемников имели место в Новгороде в XIII в. – Новгородская первая летопись). Сохранились владычные буллы Митрофана. Первый их вариант имеет изображение Богоматери «Знамение» в полный рост и надпись: «М[и]трофан, а[рхи]еп[иско]п новгородъскыи». В другом варианте, который резко отличается от сложившегося к тому времени типа новгородских владычных печатей, но, тем не менее, атрибутирован Валентином Лаврентьевичем Яниным и Петром Григорьевичем Гайдуковым как принадлежавшем Митрофану, изображён святитель в крещатых ризах (по мнению исследователей, Константинопольский  патриарх святой Митрофан I), на другой стороне есть греческая надпись: «Архиепископ Митрофан, защити меня». В иконописном подлиннике конца XVIII в. Митрофан упомянут в отдельном перечне без указания дня памяти и назван блаженным; его облик описан следующим образом: «Подобием сед, брада Григория Богослова, на концы вдвоем, проста, не вилась, риза святительска» (Библиотека Академии Наук). События архиерейского правления Митрофана проиллюстрированы в Лаптевском томе Лицевого летописного свода 1570 гг. (Российская национальная библиотека). Миниатюры посвящены его избранию и поставлению на Новгородскую кафедру; успокоению горожан и похоронам Дмитра Мирошкинича; клевете на Митрофана и его изгнанию; его возвращению на Новгородскую кафедру, поездке с архиепископом Антонием на суд к митрополиту Матфею, который вынес решение в пользу Митрофана, и возвращению в Новгород; преставлению и погребению в притворе собора Святой Софии. На миниатюрах Митрофан изображён старцем с клиновидной бородой средней длины; его облачение варьируется: фелонь и омофор, мантия с источниками и белый клобук, в сценах изгнания – монашеская мантия и тёмный куколь. В сцене похорон Дмитра Мирошкинича Митрофан изображён с нимбом.