После большого пожара в Новгороде, в котором сгорело множество дворов, 22 января 1210 г. новгородцы вместе с князем Мстиславом Мстиславичем изгнали Митрофана в Торопец («ведоша и в Торопьць»), столицу небольшого Торопецкого княжества на Смоленской земле, которым ещё до вокняжения в Новгороде владел Мстислав Мстиславич (согласно перечню Новгородских архиепископов Комиссионного списка Новгородской первой летописи младшего извода 1440 гг., Митрофан был даже «заточён в Торопець» – Новгородская первая летопись). При этом Митрофану не дали «правитися» (т.е. оправдаться), что свидетельствует о предъявлении владыке неких обвинений, скорее всего, канонического характера, которые с точки зрения обвинявшей стороны делали занятие им кафедры невозможным по церковному праву. По словам владычного летописца Митрофана, «он же то прия с радостию, яко Иоанн Златоустьц и Григории Акраганьскыи, тую же и сь прия печяль, славя Бога» (Новгородская первая летопись). Это была последняя запись летописца Митрофана, который вёл владычное погодное летописание со статьи 6708 (1200/1201) г. по статью 6719 (1211/1212 г., в действительности, как полагают исследователи, 1209/1210) г.). Особенностью новгородского летописания эпохи первого архиерейства Митрофана исследователи считают использование в нём известий 1202–1204 гг. из только что составленного во Владимире-на-Клязьме летописного свода, список которого, как полагают исследователи, был привезён в Новгород князем Константином Всеволодовичем в 1205 г. В дальнейшем (с 1215 г. по 1226 г.) летопись, как полагают исследователи, судя по лингвистическим и текстологическим данным, вёл «летописец архиепископа Антония», в том числе и в период после возвращения Митрофана на кафедру, при этом летописание времён первого архиерейства Митрофана было частично отредактировано. Изгнание Митрофана историки объясняли изменением взаимоотношений новгородцев с великим князем Всеволодом Юрьевичем Большое Гнездо, который, как считалось, и назначил этого архиепископа на Новгородскую кафедру. Александр Иванович Никитский, опираясь на неверную интерпретацию летописного текста и полагая, что гнев новгородцев был направлен и против князя Мстислава Мстиславича Удатного, видел в изгнании Митрофана торжество «народной» партии над «княжеской» в Новгороде. Хотя Митрофан не был прямым «ставленником» Владимиро-Суздальского князя, и восстание против Мирошкиничей, близких к Митрофану, во многом было инспирировано самим князем Всеволодом Юрьевичем, репутация архиепископа как сторонника просуздальской ориентации Новгорода не могла устраивать князя Мстислава Мстиславича, который пользовался большой популярностью среди новгородцев. Исследователи полагают, что причиной лишения Митрофана кафедры были несложившиеся отношения Митрофана с этим князем, а поводом – возможность обвинить Митрофана в каком-либо каноническом нарушении. После изгнания Митрофана новым архиепископом стал инок Хутынского монастыря Антоний, хиротонисанный Киевским митрополитом Матфеем (занял кафедру до 1210 г.), как полагают исследователи, под политическим давлением и вопреки церковным правилам, запрещавшим поставление нового епископа при живом владыке, не лишённом кафедры по церковному суду. Исследователи полагают, что Антоний происходил из боярского рода, относившегося к клану Неревского конца, соперничавшего с кланом Людина конца.