Что собой представлял «гроб Господень», исследователям не совсем ясно (в литературе преобладают две точки зрения). Согласно одной из них, это была хранившаяся в ларце XII–XIII вв. опечатанная по концам красным сургучом «бенберековая» лента, длина которой соответствовала длине Гроба Господня в Иерусалиме и которая служила образцом при перестройке алтаря Софийского собора после возведения Антония на кафедру (известна по описям XVIII–XIX вв. как «мера Гроба Господня», не сохранилась). Согласно другой версии, Антоний привёз собственно гробницу (саркофаг), которая была помещена в часовню Гроба Господня, устроенную к тому времени в Софийском соборе. 20 марта 1205 г. в Новгород прибыл новый князь Константин Всеволодович, старший сын Владимиро-Суздальского князя (вместо младшего, Святослава), которого встретил крестный ход новгородцев во главе с Митрофаном; князь был торжественно посажен ими на престол в соборе Святой Софии («Полное собрание русских летописей», том 1, том 25). Последующие годы первого срока архиерейства Митрофана были отмечены нарастанием в Новгороде политического противостояния, от которого в итоге пострадал и сам Митрофан. В 1205 г. посадником стал Дмитр Мирошкинич, представитель, как полагают исследователи, близкого Митрофану и придерживавшегося просуздальской ориентации боярского клана из Людина конца Новгорода. В 1207 г. владычный летописец сделал запись о чудесном знамении – плаче иконы Пресвятой Богородицы «у святого Якова в Неревьскемь конци» (Новгородская первая летопись). Чудо объяснялось тем, что 17 марта на Ярославовом дворище по распоряжению брата посадника Дмитра Мирошкинича Бориса «без вины» был убит Олекса Сбыславич, представитель Неревского конца. Недовольство самоуправством Мирошкиничей, которые ввели новые подати с населения, привело в том же году к восстанию против этого боярского клана. Посадник Дмитр Мирошкинич был ранен под Пронском во время участия новгородского войска в походе Всеволода Юрьевича Большое Гнездо на Рязанскую землю. В его отсутствие после возвращения новгородского войска дворы Мирошкиничей были сожжены, а их имущество конфисковано. Для Митрофана это событие имело особое значение, поскольку он изначально пользовался политической поддержкой Мирошкиничей. Судя по летописным данным, исследователи сделали вывод, что архиепископ не пытался усмирить враждующих (поскольку в данной ситуации не воспринимался бы как занимающий нейтральную позицию), однако после восстания смог воспрепятствовать надругательству над привезённым из Владимира телом скончавшегося Дмитра Мирошкинича (новгородцы хотели сбросить его с моста в Волхов); бывший посадник был погребён в Юрьевом монастыре рядом с отцом. В феврале 1208 г. посадничество получил Твердислав Михалкович, принадлежавший, как и его отец Михалко, к боярству Прусской ул., выступавшему нередко в союзе с Людиным концом. Князем вновь стал Святослав Всеволодович, однако в следующем году его сменил враждебно настроенный к Владимиро-Суздальскому князю князь Мстислав (Феодор) Мстиславич Удатный, старший сын княжившего в Новгороде в 1179–1180 гг. и похороненного в Софийском соборе князя Мстислава (Георгия) Ростиславича Храброго. В связи с разгромом клана Мирошкиничей потеря политической поддержки со стороны ещё и княжеской власти, очевидно, сказалась на дальнейшей судьбе Митрофана.