Святослав с новгородскими послами отправился из Владимира 12 декабря 1199 г., поэтому Митрофан мог быть избран жребием в Новгороде на кафедру в самом конце 1199 г. или в начале 1200 г. Таким образом, во Владимире произошло не избрание нового архиепископа, а только определение одной из кандидатур на владычество, представляющей партию просуздальских бояр и великого князя Всеволода Юрьевича. В ином случае исследователям непонятно приятие в Новгороде прямого ставленника Всеволода Юрьевича противниками «суздальской партии», которые также должны были выдвинуть своих кандидатов, как во время предыдущих выборов в 1193 г.; только указание Божьей воли на Своего избранника могло примирить их с этим фактом («и ради быша новгородьци своему владыце» – Новгородская первая летопись). Для исследователей очевидно, что кандидатура Митрофана вполне устраивала Всеволода Юрьевича: на хиротонию в Киев Митрофана помимо знатных новгородцев сопровождали «мужи... всеволожи» (Новгородская первая летопись; с записи об этом, согласно Алексею Алексеевичу Гиппиусу, начинается ведение владычной новгородской летописи летописцем Митрофана). Исследователи полагают, что хиротонию Митрофана 3 июля 1201 г. возглавил Киевский  митрополит Никифор II (в летописном сообщении первосвятитель по имени не назван; Никифор II последний раз упоминается под 1199 г., после чего на протяжении ряда лет замещение митрополичьей кафедры для исследователей неясно). Митрофан вернулся в Новгород 14 сентября, в день Воздвижения Честного Креста Господня. В 1202 г. Митрофан освятил «на праздник» (т.е., как полагают исследователи, 20 июля) церковь во имя святого пророка Илии на Холме в Славенском конце. В первый период архиерейства Митрофан поставил на Владычном дворе каменную палату («полату Митрофаню»), позднее, в 1210/1211 г., перестроенную Новгородским архиепископом Антонием в церкви во имя преподобного Антония Великого. После смерти бывшего посадника Михалки Степановича, принявшего постриг в Аркаже (Аркадиевском) в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре, его сын Твердислав в 1206 г. построил там надвратную церковь во имя преподобного Симеона Столпника. В 1207 г. были поставлены ктиторские церкви во имя апостола Луки на Лубяной ул. и во имя святого Пантелеимона, в том же году 30 августа на средства «заморских» торговцев было закончено возведение церкви во имя святой Параскевы Пятницы на Торгу. В начале XIII в. (до 1210 г.) в Новгород из Константинополя вернулся боярин Добрыня Ядрейкович, вскоре принявший постриг в Варлаамиевом Хутынском в честь Преображения Господня мужском монастыре с именем Антоний (будущий Новгородский архиепископ). Он привёз с собой так называемый гроб Господень (Новгородская первая летопись, «Полное собрание русских летописей», том 1), а также часть Животворящих Древ Креста Господня, помещённую в ковчежце в воздвизальный крест, находившийся в Софийском соборе. Исследователи не исключают, что тогда же (а не во время архиерейства Антония) по распоряжению Митрофана как действующего архиерея реликвии были размещены в Софийском соборе.