По мнению исследователей, учитывая дальнейшие события, Антоний был выдвинут на Новгородскую кафедру князем Мстиславом Мстиславичем Удатным. Больше пяти лет Митрофан провёл вне Новгорода, за который продолжалась борьба между князьями, где не утихало межкончанское соперничество, и время от времени обострялись новгородско-княжеские противоречия. Летом 1217 г., видимо узнав, что князь Мстислав Мстиславич отказался от новгородского стола, Митрофан приехал, как отмечает летописец, из Владимира-на-Клязьме и предпринял попытку вернуться в главный город своей епархии, но не был пропущен новгородцами, сопроводившими его до пригородного Благовещенского монастыря на озере Мячино, где, как показало развитие событий, он, скорее всего, и обосновался. Исследователи полагают, что с этой кончанской обителью Людина конца (основанной в 1170/1171 г. Новгородскими святителями братьями Иоанном (Илиёй) и Гавриилом (Григорием)) Митрофан был связан ещё до поставления на архиепископию, что объясняет его поддержку Мирошкиничами. Исследователи полагают, что пребывание Митрофана во Владимире в 1217 г. могло быть следствием того, что именно туда в 1208 г. князь Святослав по просьбе новгородцев отправил неугодных им представителей боярства Людина конца, с которыми, очевидно, был тесно связан Митрофан. Но он мог появиться во Владимире и вместе с новгородцами, которых Ярослав задержал в Торжке в 1215/1216 г., а затем переместил во Владимир, или же он был переведён туда из Торопца после Липицкой битвы 21 апреля 1216 г., когда вновь ставший новгородским князем Мстислав Мстиславич, разгромив вместе с новгородцами князя Ярослава (Феодора) Всеволодовича, изгнал  того из Владимира. После окончательного ухода князя Мстислава Мстиславича Удатного из Новгорода в Галич в 1218 г., во время пребывания Антония в Торжке, новгородцы вернули Митрофана на владычный двор, «а к Онтонию послаша: “поиди, кте ти любо”» (Новгородская первая летопись). Однако не смирившийся с этим Антоний обосновался в пригородном княжеском Нередицком Спасо-Преображенском монастыре близ княжеской резиденции на Городище. Всё это произошло сразу после возвращения новгородского войска во главе с князем Всеволодом Мстиславичем (сыном Киевского великого князя Мстислава Романовича) из похода на Пертуев (Венден, ныне Цесис, Латвия). Практически в то же время произошла смена посадника и тысяцкого (новгородцы вернули эти должности соответственно Твердиславу и Якуну Намнежичу, у которых их отняли чуть раньше, до похода). Исследователи считают вполне вероятным, что каким-то образом смена новгородских магистратов и чередование владык взаимосвязаны. По решению новгородского веча и князя, вопрос о замещении Новгородской архиепископии был вынесен на суд митрополита Матфея (ум. 19 августа 1220 г.). Митрополит, призвав обоих претендентов в Киев, вероятно, зимой 1218/1219 г. вынес решение в пользу Митрофан, предоставив Антонию (очевидно, по протекции овладевшего Галичем князя Мстислава Мстиславича Удатного) специально созданную по этому случаю Перемышльскую епархию. В Новгород Митрофан вернулся 17 марта 1219 г., «оправивъся Богомь и Святою Софиею» (Новгородская первая летопись), т.е. полностью оправданным от предъявлявшихся ему раньше, в 1210 г., обвинений.