Первоначально в споре претендентов Мефодий занимал нейтральную позицию, но в феврале 1662 г. в Киеве с участием Мефодия собрались сторонники Василия Золотаренко и обратились к царю с просьбой созвать раду для избрания гетмана с участием запорожцев, что было очевидным отступлением от существовавшей практики. Царь ответил согласием и поручил созвать такую раду князю Григорию Григорьевичу Ромодановскому. Не дожидаясь этого, Яким Сомко в марте 1662 г. созвал раду в Козельце, на которой был избран гетманом, а Мефодий привел его к присяге. Однако в дальнейшем Мефодий и Василий Золотаренко утверждали, что Яким Сомко добился такого решения насилием, и обвиняли его в подозрительных контактах с Юрием Хмельницким и татарами. В результате решения этой рады царь не подтвердил. Отношения между Якимом Сомко и Мефодием резко ухудшились. Яким Сомко добивался, чтобы кто-нибудь другой стал местоблюстителем митрополии, т.к. Мефодий «смуту учинил и войско его не любят» («Акты Юго-Западной Руси», том 5). По мнению исследователей, первоначально предполагалось, что с помощью запорожцев удастся добиться избрания Василия Золотаренко, но со временем наметилось сближение между Мефодием и главой Запорожской Сечи кошевым атаманом Иваном Мартыновичем Брюховецким. Сохранились письма атамана к Мефодию от апреля 1662 г., содержавшие резкие выпады против казацкой старшины – «панов городовых», которые «землю пустошат» и присваивают себе все доходы. Иван Брюховецкий выражал надежду, что будет «порядок путный и обереженье всякое..., а которые под панами полковниками маетности и мельницы есть, и те б доходы чтоб до скарбу войскового шли» («Акты Юго-Западной Руси», том 5). Он просил Мефодия убедить царя принять соответствующие решения. Эти предложения повторяли мысли, высказанные в письмах Мефодия к Ф.М. Ртищеву, а Иван Брюховецкий казался человеком, способным их осуществить. Одновременно были полностью разорваны отношения с Якимом Сомко. Царскому посланцу Фёдору Абросимовичу Лодыженскому Мефодий говорил, что из-за Якима Сомко он не может ехать в Киев и будет ждать созыва новой рады в Гадяче, где собирались запорожцы. В эти годы Мефодий получал значительную финансовую помощь из Москвы: при выезде в Киев – 6100 руб., в 1662 г. – 1000 руб. на хлеб и 3050 руб. По мере приближения созыва новой рады и с приходом на Левобережье запорожцев произошло объединение разных группировок левобережной старшины, опасавшихся выступления недовольных низов. Мефодий встал на сторону Ивана Брюховецкого. В конце июня 1663 г. рада собралась в Нежине. Здесь после столкновений между сторонниками враждебных группировок победу одержал Иван Брюховецкий, к которому перешли казаки другой стороны. Левобережные старшины – противники Ивана Брюховецкого и местоблюстителя были арестованы и казнены. Участие Мефодия в событиях состояло в том, что «за его старанием» Ивану Брюховецкому было обеспечено содействие руководивших радой русских воевод. После 1663 г. власть Мефодия в левобережной части Киевской митрополии упрочилась. Установились контакты с архимандритом Киево-Печерского монастыря Иннокентием (Гизелем). В Москве Мефодий говорил, что пришедших из-за Днепра духовных лиц он принимает «по совету» с печерским архимандритом и всем духовенством. В поездке в Москву в первой половине 1665 г. Мефодия сопровождали духовные лица из разных монастырей Левобережья, он хлопотал о выдаче им «милостыни».