Вместе с гетманом на сейм направились митрополит Дионисий (Балабан-Тукальский), ряд епископов и архимандритов. Светский патрон Максима Филимоновича, нежинский полковник Василий Золотаренко, хотя и неохотно, встал на сторону Ивана Выговского и принял участие в начавшейся войне с Россией. Максим Филимонович вёл тайную переписку с командующим русской армией князем Алексеем Никитичем Трубецким и киевским воеводой Василием Борисовичем Шереметевым. В письмах утверждал, что на соглашение с Иваном Выговским не следует рассчитывать, что тот не имеет поддержки в народе, и призывал к активным боевым действиям. Через Максима Филимоновича поддерживалась связь между А.Н. Трубецким и русским гарнизоном в Киеве. В значительной мере благодаря Максиму Филимоновичу Нежин стал в конце августа 1659 г. одним из первых центров, поднявших восстание против Ивана Выговского. В начале сентября большая делегация во главе с Максимом Филимоновичем известила А.Н. Трубецкого о присяге царю казаков Черниговского, Нежинского и Переяславского полков. В 1659 г. из Москвы Максиму Филимоновичу были отправлены 500 руб. соболями и 500 золотых. Максим Филимонович участвовал в Переяславской раде 1659 г., в конце 1659 – начале 1660 гг. посетил Москву. Когда весной 1660 г. Василий Золотаренко стал главой гетманской делегации на русско-польских переговорах, Максим Филимонович поддерживал с ним тесные связи. Исследователи полагают, что он снабжал полковника утверждениями о том, что Россию и Украину объединяют не только «едина вера и един крест», но и «самое поколение российского прироженья», и что некогда Русь была под властью одного правителя – князя Владимира. Важной частью событий, развернувшихся на Украине в 1658 г., стал выезд митрополита Дионисия (Балабана-Тукальского) из Киева на земли, находившиеся под властью Речи Посполитой, – в Слуцк, затем в Луцк. Возникла необходимость организации церковного управления на землях, подчинявшихся русской власти. Первоначальным местоблюстителем Киевской митрополии стал Черниговский епископ Лазарь (Баранович), позднее было принято решение поставить на этот пост человека, более тесно связанного с русскими политическими кругами, показавшего свою преданность в сложных ситуациях. Таким человеком в Москве считали Максима Филимоновича. 4 мая 1661 г. митрополит Сарский и Подонский Питирим возглавил хиротонию Максима Филимоновича, постриженного в монашество с именем Мефодий, на вакантную Могилёвско-Мстиславскую кафедру Киевской митрополии. Затем Мефодий был направлен в Киев как местоблюститель Киевской митрополии. 16 июля 1661 г. Лазарь (Баранович) передал Мефодию имущество митрополичьего дома. Вместе с Мефодием на его содержание царь направил в Киев 6100 руб. и соболей на 410 руб. В своей деятельности Мефодий столкнулся с рядом серьёзных трудностей. Предпринятые шаги вызвали враждебные действия со стороны митрополита Дионисия (Балабана-Тукальского), который поставил на Мстиславскую кафедру архимандрита Иосифа (Нелюбовича-Тукальского), 3 августа 1661 г. получившего привилей от короля Яна Казимира II.