Трапезный храм святителя Иоанна Златоуста известен исследователям с 1626 г. На ул. Рождественке находилось владение воеводы князя Александра Ивановича Лобанова-Ростовского (ум. в 1677 г.). В 1676–1677 гг. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Иоакима (Савёлова) на средства боярыни Фотинии Ивановны Лобановой-Ростовской и её деверя князя Александра Ивановича Лобанова-Ростовского была построена одноимённая тёплая каменная трапезная церковь. Храм был пятиглавым и бесстолпным, с глухими барабанами глав, поставленными на свод. Устроительница храма приняла монашество и была похоронена в усыпальнице Лобановых-Ростовских. В XVII в. храм был расписан, в 1770 гг. пострадал от пожара, но был восстановлен. В 1792 г. с южной стороны к храму сделали пристройку, в которую из Богородице-Рождественского собора перенесли придел святителя Николая Чудотворца. В 1812 г. к храму пристроили северный придел во имя святителя Филарета Милостивого, в связи с чем в южной и северной стенах церкви были сделаны арки. В 1868–1869 гг. оба придела были перестроены, и пристройки стилизовали под древнерусские: окна обрамлены наличниками, входы в приделы напоминали порталы XVII в. Великое освящение перестроенного Филаретовского придела совершил в 1869 г. Московский митрополит Иннокентий (Вениаминов). В 1878–1879 гг. стены и своды храма вновь расписали. В 1903–1904 гг. в Иоанно-Златоустовском храме были расширены старые и сделаны новые проёмы в стенах, благодаря чему церковь стала вместительнее. Одновременно из Богородице-Рождественского собора в храм перенесли придел святителя Димитрия Ростовского. В трапезной Иоанно-Златоустовского храма сохранялась надгробная доска княжны Анны Ивановны Лобановой-Ростовской (ум. в 1740 г.). Токмаков писал, что «у этой таблицы было несколько гробов князей Лобановых, но они сняты игуменьею Есфирью (была во главе монастыря в 1812–1815 гг.); другие доски забелены». В 1923 г. храм был закрыт и передан отделению милиции. Затем в нём были устроены квартиры, позже – различные учреждения. В 1960 гг. проводился внешний ремонт церкви, на восстановленные главы вместо крестов поставили шары. После 2007 г. в результате реставрационных работ были ликвидированы позднейшие перегородки, заменена кровля, выполнена внешняя покраска. К 2017 г. храм не был освящён, продолжались реставрационные работы.