К 1764 г. Московский Рождественский монастырь владел более 1,6 тыс. крестьян; он был отнесён ко второму классу, монастырские земли отобраны. Во время Отечественной войны 1812 г. по распоряжению игуменьи Есфири значительную часть церковных ценностей удалось спрятать на территории Московского Рождественского монастыря и сохранить; в занятой французскими войсками обители оставались десять сестёр. Монастырь не пострадал от пожаров и, в основном, не был разграблен. До закрытия обители в 1922 г. сохранялась икона Николая Чудотворца, от которой в 1812 г. произошло чудо: французский солдат, пытаясь сорвать оклад с чтимого образа, поранился, оцепенел, не смог сдвинуться с места, и его вынесли из храма на руках. В трапезной собора оккупанты устроили конюшню, но в храме Иоанна Златоуста продолжались богослужения. К началу ХХ в. в связи с увеличением числа насельниц (игуменья, 23 монахини, 225 послушниц) стала ощущаться потребность в большом церковном здании. В 1904–1906 гг. на месте бывших келий был возведён большой трапезный храм в честь Казанской иконы Божьей Матери. Таким образом, сложился архитектурный ансамбль, включавший собор, два трапезных храма, колокольню с храмом, жилые и хозяйственные постройки. Особенностью Московского Рождественского монастыря исследователи называют наличие нескольких настоятельских корпусов. Старые каменные игуменские кельи (конец XVII в.) у святых ворот входят в объём двухэтажного кирпичного здания, вытянутого по линии ул. Рождественки. Настоятельский корпус был связан с надвратным храмом, служившим молельней для настоятельницы. В 1830 гг. был построен Г-образный в плане двухэтажный корпус, параллельный встроенному в ограду корпусу и имеющий переход в него. В результате образовалось одно здание с внутренним двориком. В северную стену ограды со стороны бульвара в послепожарное время был также встроен другой корпус. В начале ХХ в. при Московском Рождественском монастыре находились приют для девочек, которых обучали грамоте и рукоделию, и церковноприходская школа. В 1902–1922 гг. монастырь возглавляла игуменья Иувеналия (Ловенецкая), уроженка Москвы, духовная дочь Иоанна Кронштадтского (Сергиева). В 1889–1902 гг. она возрождала монастырь равноапостольной Нины в Бодбе, была духовной наставницей схиигуменьи Фамари (Марджановой). В начале ХХ в. по инициативе игуменьи Иувеналии (Ловенецкой) в Московском Рождественском монастыре проводились большие работы по расширению храмов, была построена трапезная церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери. В 1922 г. Московский Рождественский монастырь был закрыт, но большинство монахинь и послушниц продолжали проживать в келейных корпусах. В апреле из храмов было изъято 17 пудов серебряной утвари. В 1923 г. были закрыты собор и два трапезных храма, из обители выселили 788 насельниц. К августу 1924 г. в монастыре, по сведениям властей, проживали 38 монахинь, которых намеревались расселить в корпусах Вифанского в честь Преображения Господня монастыря (Центральный государственный архив Московской области). В 1920–1930 гг. строения Московского Рождественского монастыря были заняты 48-м отделением милиции и другими организациями. Некоторое время в закрытой обители находился исправительный труддом. Не позднее 1920 г. на территории Московского Рождественского монастыря был открыт концлагерь, часть монастырских зданий отдана под жильё (жилое товарищество №5324).