Собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы был построен в 1501–1505 гг., после пожара 1500 г. До пожара здесь стоял каменный храм, остатки белокаменной кладки которого сохранились в восточной части фундамента собора. Новый храм пострадал во время пожара 1547 г. и к 1550 г. был восстановлен; в южной его апсиде был устроен увенчанный главкой придел Николая Чудотворца. Его постройку предание связывает с женой царя ИванаIV Васильевича Грозного царицей Анастасией Романовой, почувствовавшей первое движение младенца во чреве в дороге напротив монастыря или около собора. Первоначальный вид собора и его внутренняя планировка стали известны во многом благодаря его первым исследователям и реставраторам – архитекторам Александру Сергеевичу Фуфаеву, Н.В. Ильенковой и др., а также реставрационным работам 1950–1960 гг. Четырёхстолпный трёхапсидный собор увенчан шлемовидной главой со щелевидными окнами в барабане. Маленькая главка венчает южную апсиду Никольского придела. Снаружи световой барабан окружает несколько ярусов килевидных кокошников, расположенных «вперебежку». Внутри его поддерживают мощные ступени арок. Ярусам арок соответствуют закомары снаружи. Всё это придаёт собору пирамидальную форму, напоминающую исследователям очертания собора Андроникова в честь Нерукотворного образа Спасителя мужского монастыря, построенного раньше. Но исследователи отмечают и новшества в архитектуре Богородице-Рождественского собора: карнизы, отделяющие закомары от стен, тонкая проработка профилей, использование апсиды в качестве придела, наличие звонницы (находилась над юго-западным углом четверика). Особенностью собора исследователи называют систему кладки купола, при которой благодаря изогнутым рядам кирпичей, поставленных «на угол», образовывался видимый снизу концентрический узор, так называемый паук. Исследователи отмечают, что такой способ кладки был характерен для работавших в Москве итальянцев. Эти особенности архитектуры собора дают исследователям возможность предполагать участие итальянских зодчих в его создании. В то же время три однотипных портала традиционно московские по форме, с килевидными завершениями и колонками. В киотах над порталами первоначально находились фрески XVI в. Часть фрагментов росписей на северном портале уцелела. Со второй половины XVII в. к собору пристраивались различные по функциям здания. Первое из них (трапезная) примкнуло с юга к Никольскому приделу.