Исследователи полагают, что преподобный Сергий Радонежский был духовником сестёр Московского Рождественского монастыря и ввёл в обители общежительный устав. По преданию, в монастырской «новой церкви каменной в Рождестве Богородицы» была похоронена дочь великого князя Дмитрия Ивановича Донского Мария Дмитриевна (ум. 15 мая 1399 г.), жена Мстиславского князя Лугвеня (Семена) Ольгердовича. Однако исследователи не исключают, что Мария была похоронена не в монастырской Богородице-Рождественской церкви, а в одноимённом каменном храме, выстроенном её матерью великой княгиней Евдокией Димитриевной в 1393–1394 гг. в Московском Кремле. Около 1433 г. в монастыре приняла монашеский постриг с именем Евпраксия княгиня Елена Ольгердовна (ум. 15 августа 1437 г.), супруга князя Владимира Андреевича. Она была погребена в обители. 29 ноября 1525 г. в Московском Рождественском монастыре была пострижена с именем София первая супруга великого князя Владимирского, Московского и всея Руси Василия III Ивановича Соломония Юрьевна Сабурова («Полное собрание русских летописей», том 24). 17 августа 1500 г. в Москве произошёл большой пожар, в котором пострадала и обитель: «...На осьмом часу дня, загореся на Москве у Бобра на Большом посаде и погоре от Москвы реки до Ниглимны и пушечные избы и Рожественный монастырь» («Полное собрание русских летописей», том 8). После пожара, в 1501–1505 гг., был возведён в традициях раннемосковского зодчества одноглавый каменный собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1547 г. монастырь горел, в восстановленном после пожара соборе был устроен придел во имя Николая Чудотворца. Обитель пострадала в Смутное время, но первые цари из династии Романовых Михаил Фёдорович и Алексей Михайлович подтвердили прежние владения монастыря и дали новые грамоты. В ладанных книгах 1613, 1617 и 1619 гг. зафиксирована выдача ладана для монастырского собора и его Никольского придела с указанием ряда священно- и церковнослужителей. В XVII в. финансовую поддержку Московскому Рождественскому монастырю оказывали князья Лобановы-Ростовские, на средства которых в 1670 гг. были построены усыпальница при соборе, каменная ограда с четырьмя башнями и тёплый трапезный храм во имя Иоанна Златоуста. В XVII в. близ собора была сооружена и шатровая колокольня. В 1780 гг. была перестроена старая каменная ограда. Записные книги приказа Тайных дел содержат предписание от 22 февраля 1674 г. о выдаче «в Рожественской [монастырь] 71 человеку 7 осетров, пуд 31 г(ривенка) меду, масла тож, (проса) 2 чети с полуосминою» («Русская историческая библиотека», 1907 г., том 21), позволяющее исследователям предположительно судить о численности сестёр. Исследователям известен также ряд монастырских документов XVII в., хранившихся в Музее Петра Ивановича Щукина. Сохранилась небольшая книга записи вкладов в обитель в конце XVII в. (Исторический музей). Иван Андреевич Булыгин обратил внимание на опись монастыря 1701 г. из фонда Монастырского приказа (Российский государственный архив древних актов). Некоторые монастырские документы, относящиеся к 1740–1780 гг., главным образом, по личному составу, хранятся в фонде Московской духовной консистории (Центральный государственный исторический архив Москвы).