Нескольким сёстрам удалось остаться на территории обители на правах жильцов. 25 сентября 1978 г. одна из них, казначея монахиня Варвара (Турусова), была убита злоумышленником из-за хранившихся у неё нескольких монастырских икон. С 1929 г. небольшая община верующих молилась в Евгениевском храме в колокольне. По некоторым сведениям, последняя игуменья Иувеналия (Ловенецкая) и несколько сестёр были сосланы в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). В 1930–1931 гг. ОГПУ завело дело на группу «активных церковников-монархистов», в которой было немало и бывших монахинь обители. Многие из рождественских инокинь претерпели гонения за веру. Так, монахиня Татиана (Бесфамильная) была арестована, виновной себя не признала и 21 октября 1937 г. расстреляна на Бутовском полигоне, погребена в безвестной могиле. Храмы и другие постройки, использовавшиеся различными организациями, ветшали, перестраивались (Центральный государственный архив Москвы). В 1930 г. сотрудники Центральных государственных реставрационных мастерских так описывали монастырский собор: «...Здание запущено, иконостас разобран, решётки в окнах выломаны». Разместившийся в соборе Музей-институт истории химии ВСНХ требовал сноса крылец, куполов и барабанов, «изменения фасадов для придания гражданского облика», расширения окон, закраски всей живописи, устройства котельной в усыпальнице, разборки на кирпич двух верхних ярусов колокольни. Центральным государственным реставрационным мастерским (ЦГРМ) разрешили снять купола храмов, изменить фасады и устроить котельную. В апреле 1931 г. сектор науки Наркомпроса РСФСР разрешил снос колокольни. Однако она не была разобрана. В 1936 г. между собором и одноэтажными келейными корпусами, на месте разорённого некрополя, было построено четырёхэтажное здание школы №420. В 1950–1960 гг. храмы реставрировались. В 1974 г. решением Моссовета постройки Московского Рождественского монастыря были переданы Московскому архитектурному институту (МАРХИ) для организации музея-заповедника древнерусского искусства и зодчества. Но здание древнего собора МАРХИ было передано лишь в конце 1980 гг. В нём стали устраивать институтский музей. В 1989 г. Богородице-Рождественский собор был передан РПЦ, в нём состоялось первое богослужение. 19 июля 1993 г. по решению Синода Московский Рождественский монастырь был возрождён как ставропигиальный. Первые монахини прибыли из Пюхтицкого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. В 1995 г. монастырю были переданы храмы Иоанна Златоуста и Евгения Херсонесского. В 1996 г. утверждён план комплексной реставрации монастырского ансамбля. В сентябре 2005 г. Московский Рождественский монастырь был включён в число исторических памятных мест, где проходило празднование 625-летия Куликовской битвы. В 2006 г. памятники обители включены в проект «Большое Золотое кольцо России». В 2007 г. на месте разорённого некрополя состоялась закладка часовни во имя Всех святых, в земле Российской просиявших. Обители принадлежат подворье в селе Фёдоровском Волоколамского района Московской области, часовня в Москве в Столешниковом пер. С 2009 г. при Московском Рождественском монастыре действует воскресная школа для детей и взрослых. В 2010 г. открылась бесплатная женская трёхлетняя церковно-певческая школа. Настоятельницей Московскоого Рождественского монастыря является игуменья Викторина (Перминова), духовником сестёр был назначен протоиерей Борис Николаев (1913–2005 гг.). К 2017 г. в монастыре проживали около двадцати насельниц.