Некрополь Московского Вознесенского монастыря служил местом погребения жён и дочерей мужских потомков великой княгини Евдокии Димитриевны. Первой была погребена сама основательница монастыря (1407 г.), последнее погребение в соборе было сделано в 1731 г.: пышный надгробный памятник в диаконнике собора предназначался для могилы царевны Прасковьи, дочери царя Ивана V Алексеевича и родной сестры императрицы Анны Иоанновны. Захоронения в соборе были обозначены гробовыми плитами или надгробницами в интерьере, подобно тому как это было в кремлёвском Архангельском соборе. Одна из первых попыток обозначить порядок захоронений в соборе Московского Вознесенского монастыря и составить историю этого комплекса была предпринята А.И. Пшеничниковым в «Кратком историческом описании первоклассного Вознесенского девичьего монастыря». Он приводит план погребений и порядок их размещения внутри здания, имена и краткие сведения о жизни каждой из 33 упомянутых им усопших представительниц царствующего дома, погребённых там (данные были собраны им из надписей). В соборе находились погребения великой княгини Евдокии, до окончания строительства каменного здания в 1467 г. здесь были похоронены княгиня Анастасия, жена князя Юрия Дмитриевича Звенигородского и Галицкого (ум. 11 июля 1422 г.), великая княгиня София Витовтовна (в иночестве Синклитикия; ум. 5 июля (15 июля ?) 1453 г.), великая княгиня Мария Борисовна (ум. 22 апреля; погребена 24 апреля 1467 г.; «Полное собрание русских летописей», том 25). Погребения великих княгинь правящего дома и первых покровительниц монастыря, в том числе его основательницы, преподобной Евфросинии, находились в строящемся здании. Это вызывало у исследователей вопрос, не имел ли первый каменный собор подземного яруса – подцерковья-подклета, предназначенного для погребальных целей. В.П. Выголов отметил, что при перестройках здания погребения основательницы и её преемниц оставались внутри собора, в юго-западном углу. Он же установил, что собор был выстроен без подклета и не был сделан при перестройках, чем напоминал другие соборы-усыпальницы Московского Кремля – Успенский и Архангельский.