Когда 30 апреля и 2 мая 1901 г. Пинск сильно пострадал от пожара, Михаил призвал духовенство Минской епархии помочь погорельцам. В годы Русско-японской войны (1904–1905 гг.) церковные организации епархии активно включились в сбор средств на нужды армии и флота, помогали семьям убитых и раненых солдат. Ещё до начала боевых действий, 17 января 1904 г., Михаил отслужил в кафедральном соборе молебен для воинов 30-й артиллерийской бригады, отправляющейся на Дальний Восток. 29 января 1904 г. в кафедральном соборе Михаил при участии всего городского духовенства и минского губернатора Александра Александровича Мусина-Пушкина отслужил коленопреклонённый молебен о ниспослании победы русскому воинству. В феврале 1904 г. члены Минской духовной консистории решили отчислять на нужды армии из своего содержания 1% в период боевых действий. Аналогичное решение приняли и приходы епархии. В феврале того же года в епархии было собрано 1301 руб. 80 коп. на нужды армии и 400 руб. на усиление флота. На санитарные нужды армии и флота Михаил пожертвовал 500 руб., Минский архиерейский дом – 700 руб. С февраля 1904 г. за воскресными и праздничными богослужениями члены общества Красного Креста собирали пожертвования. В пользу общества Красного Креста в Минске прошли благотворительные концерты: 29 февраля в зале Общественного собрания выступал архиерейский хор под управлением регента В.И. Кашина; 15 марта в помещении Минского женского духовного училища пел хор семинаристов и воспитанниц училища, 3 апреля 1905 г. в зале Дворянского собрания – архиерейский хор В.И. Кашина. Средства были переданы семьям воинов Минской епархии, погибших на Дальнем Востоке. 15 октября 1904 г. в ответ на обращение губернатора А.А. Мусина-Пушкина Михаил призвал духовенство епархии помочь нуждавшимся семьям воинов. С февраля по ноябрь 1904 г. общая сумма пожертвований, собранных клириками и верующими епархии, составила 23 041 руб. 41 коп. 10 июля 1904 г. в кафедральном соборе был отслужен молебен для членов Минского имени императрицы Марии Фёдоровны санитарного отряда, отправлявшегося на войну. 22 декабря 1904 г. Михаил приветствовал в Минске императора Николая II и в салоне-вагоне преподнёс ему икону. Государь провёл смотр войск, собранных на железнодорожном вокзале, и затем встретился с церковнослужителями православной, католической и лютеранской церквей. 28 января 1905 г. на Троицкой пл. Михаил совершил молебен для войск, уходящих на Дальний Восток, окропил их святой водой, благословил солдат, дал каждому нательный крестик. 31 января 1907 г. Михаил был награждён особой грамотой капитула Российских императорских и царских орденов и знаком отличия, пожалованным императрицей Марией Фёдоровной «за особо выдающиеся заслуги в деле подачи помощи больным и раненым воинам во время русско-японской войны 1904–1906 гг.».