С сентября 1907 г. в Паричском училище по благословению Михаила начали проводить экзамены для желавших получить звание учительницы одноклассной церковноприходской школы. С осени 1909 г. начала действовать воскресная школа, а также было осуществлено преобразование образцовой церковноприходской школы из женской в смешанную. Указами Синода от 26 мая 1909 г. было принято решение об открытии при училище седьмого, дополнительного педагогического класса для выпускниц, окончивших не больше двух лет назад полный, шестилетний курс в епархиальных женских училищах духовного ведомства, 4 июня 1910 г. – об открытии восьмого, дополнительного класса с отделением словесности. В 1909/1910 учебном году были окончены работы по капитальному ремонту церкви. Однако во всех учебных заведениях отмечалась нехватка средств. В период Первой русской революции, вечером 14 февраля 1905 г., в Минской духовной семинарии произошёл бунт. Недовольство учеников вызвали исключение воспитанника за плохое поведение и ограничение отпуска семинаристов в город, что связывали с политикой ректора архимандрита Николая (Орлова) (он объезжал Минск на лошади, высматривая самовольно гулявших учеников). Семинаристы с камнями и палками разгромили канцелярию, квартиры инспектора и ректора, в здании духовной семинарии начался пожар. Около 23 часов к семинарии прибыли Михаил, ректор, губернатор и полицмейстер. После водворения порядка из семинарии исключили около сотни человек, учёба прервалась на три месяца. В другом учебном заведении, Пинском духовном училище, в качестве меры наказания семинаристов за проступки использовался карцер. К январю 1899 г. общее количество церковноприходских школ и школ грамоты было 1715, к январю 1901 г. – 1806, число учащихся всех церковных школ составляло 45 125 человек. При Михаиле в епархии впервые открылись второклассные школы с трёхлетним курсом обучения для подготовки учителей: в местечке Богушевичи Игуменского уезда (1900 г.; учреждена по инициативе славянофила Тертия Ивановича Филиппова), в местечке Заслав Минского уезда (1903 г.; построена по проекту Михаила Тимофеевича Преображенского), в сёлах Бабчино и Домановичи Речицкого уезда (1904 г.); при Переспинской кладбищенской церкви Марии Магдалины (1904 г.). Но число школ грамоты постепенно уменьшалось в связи с процессом соединения малочисленных и смежных школ. Так, в 1901/1902 учебном году их осталось 1397, в 1903 г. – 1348. В 1906 г. Минский губернский комитет по делам земского хозяйства из средств, предназначавшихся на содержание церковноприходских школ, получил 18 тыс. руб. на открытие земских школ. К 1910 г. число церковных школ епархии уменьшилось до 1118. В августе 1904 г. при поддержке Михаила в Минском архиерейском доме был открыт псаломщицкий класс на 20 мест для подготовки регентов церковных хоров по программе двухклассной церковноприходской школы третьего и четвёртого годов обучения; упор в преподавании делали на церковный устав и церковное пение. Улучшение качества церковного пения в сельских церквах, согласно резолюции Михаила от 6 августа 1904 г., было важно «и потому ещё, что… простой народ, скучая в церкви при монотонном пении дьячка, устремляется в костёл на органную музыку, а ксёндзы весьма умело пользуются случаями посещения православными костёла, чтобы улавливать их для обращения в католичество».