В январе 1456 г. Мисаил «со многими местичи Смоленскыми» посетил Москву, 18 января был принят в Кремле. Василий II Васильевич Тёмный был заинтересован в военно-политической поддержке со стороны Великого княжества Литовского для совместной борьбы против хана Большой орды Сеид-Ахмеда. Смоляне просили великого князя Василия II Васильевича, чтобы государь пожаловал пришедших и возвратил им чудотворный образ Смоленской Божьей Матери, «ея же пленом взял Юрга (т.е. последний Смоленский великий князь Георгий (Юрий) Святославич)». В ответ на это Василий II Васильевич, «помыслив себе» с Киевским митрополитом Ионой и «с прочими святители и з боары своими, како вь плену дръжати неодержимую Владычицю всего мира». Правитель Московского княжества почтил Мисаила, смолян и устроил праздник «на отпущение» иконы. Великий князь пригласил Киевского митрополита Иону, «весь… освященныи събор» и, очевидно, Мисаила и смолян на свой двор в Благовещенскую церковь, где находился чудотворный образ «на поклоне въ церкви, на деснеи стране от святых двереи царскых». Здесь во главе с Киевским митрополитом Ионой все пришедшие «молебная съвръшиша пред образом Пресвятыа, по том же и литургию». Для поклонения к иконе подходили великий князь Василий II Васильевич, его жена великая княгиня Мария Ярославна, его соправитель и старший сын великого князя Иван III и другие члены великокняжеской семьи. После этого великий князь Василий II Васильевич, Киевский митрополит Иона и «прочии» вынули из киота «чюдотворную икону Пресвятыа Владычица наша Богородица и приснодева Мариа» и вручили её Мисаилу. Московский летописец подчёркивал, что вместе с ней Смоленский архиерей получил «и иные многы иконы, опрочь того, менши тоа, златом же и камениемъ и жемчугом украшены, того же плена», которые Мисаил не просил у великого князя Василия II Васильевича. Взяв чудотворный образ в руки, митрополит Иона обратился с речью к Мисаилу («о, епископе, сыну и брате нашего смирениа») и попросил его разрешить написание списка чудотворного образа, «иже о многъ лет от вас скрывшееся», чтобы оставить его в Москве для членов великокняжеской семьи. В присутствии Мисаила Киевский митрополит Иона благословил иконой ещё раз семью Василия II Васильевича, а затем передал её великому князю, который разрешил вынести икону из Благовещенской церкви, «ея же к Смоленску отпусти». Процессию возглавил Киевский митрополит Иона «с освященным събором»; в ней участвовали члены великокняжеской семьи, служившие им князья, бояре («бе бо тогда и многое множства воиньства на Москве, вси ти последоваху»), и московские горожане. Они проводили икону из Москвы до Благовещенской церкви, находившейся в загородном селе Дорогомилове, а затем вернули её в кремлёвскую Благовещенскую церковь. По приказу великого князя был написан список с иконы, перед которой он приказал «на всяк день молебен священником пети, акафист со икосы» («Полное собрание русских летописей», том 25). Поездка смолян в Москву завершилась удачно. Им был возвращён чудотворный образ Смоленской Божьей Матери, а Мисаил стал последним Смоленским архиереем, принимавшим до 1514 г. участие в общерусских государственных церемониях в Москве. Первоначально Мисаил не поддерживал Григория, который был поставлен на Киевскую кафедру в Риме униатским Константинопольским патриархом Григорием III Маммой. Вместе с Черниговским и Брянским епископом Евфимием (впоследствии епископ Суздальский) Мисаил был в числе наиболее последовательных сторонников поддержки в Великом княжестве Литовском прав Киевского митрополита Ионы.