Археологические раскопки 1986–1987 гг. имели особое значение для реставрации собора и Московского Богоявленского монастыря и были наиболее плодотворным периодом в восстановлении обители. Культурный слой внутри собора сохранял остатки: поселения первой трети – середины XIII в.; деревянной церкви и кладбища при ней (они сменили жилой участок) конца (?) XIII – XIV в.; белокаменного храма (построен до первой четверти XV в.) и пристроенной к нему с запада во второй половине XV в. – середине XVI в. каменно-кирпичной трапезной; сложившегося вокруг этих построек кладбища с погребениями усопших высокого социального статуса. Находки резных камней наружного декора собора обогатили историю раннемосковского христианского искусства. Изучение многочисленных надгробий XIII – конца XVII вв. и саркофагов XVI–XVII вв. вместе с ритуальной погребальной посудой для остатков елея помогло расширить знания о развитии обряда захоронения. Надписи надгробий пополнили монастырский синодик именами лиц, которые раньше не соотносились с Московским Богоявленским монастырём, а также подтвердили и уточнили представления о связях с обителью рода бояр Вельяминовых и их потомков в XVI–XVII вв. Важную роль сыграло открытие уровней XIII–XV вв. (наименее изученного периода) для истории планировки и заселения древнейших частей Москвы. Участок Московского Богоявленского монастыря был освоен в XIII в., когда входил в ближний от Кремля пригород: слои того же времени отмечены в районе Красной площади, на участке Воскресенского проезда и Казанского собора, и к юго-западу от монастыря, во дворе Тёплых рядов. Сведения о планировке этого периода фрагментарны, но для исследователей ясно, что дорога к воротам Московского Кремля (будущим Никольским) имела в XIII–XIV вв. несколько иное направление. Древнейший уровень хозяйственного обживания на месте Московского Богоявленского монастыря представлен золистым слоем с крупной обожжённой галькой, золой и угольками из очагов, крупными кусками сосудов, костями животных, следами построек. Жизнь поселения вскоре прервалась, его перекрыли толстым слоем песка (практика, типичная в московском быту), и бытовые отложения больше не возобновлялись. На новой поверхности построили деревянный храм; в неё же вкапывали могилы первого кладбища, над которыми укладывали надгробия. К следам деревянного храма, чья площадка свободна от захоронений, исследователи относят: толстую подсыпку песка, промазанную обожжённой глиной; линии сгоревших брёвен; два фрагмента плиток пола (с углублением на оборотной стороне) из слоя разрушения (они типичны для настилки полов в ранних деревянных церквах). Изучено около тридцати погребений древнейшего некрополя, но общее число могил было значительно больше. Типологически это плотно заполненное городское кладбище с устойчивым обрядом христианского погребения: предписания церкви строго соблюдались.