В 1798–1835 гг. к Могилёвскому Братскому монастырю был приписан Буйничский в честь Сошествия Святого Духа на апостолов монастырь. Из-за сильного пожара 1810 г. и по причине боевых действий в ходе Русско-французской войны 1812–1815 гг. долгое время не восстанавливались монастырские соборы: Богоявленский – до 1805 г., Иоанно-Богословский – до 1828 г. В 1828 г., при настоятеле архимандрите Гаврииле (1827–1829 гг.), после прошения Могилёвского епископа Павла (Павлова-Морева), указом императора Николая I Могилёвский Братский монастырь был возведён во второй класс, что способствовало улучшению материального положения обители. Могилёвский Братский монастырь получил право на расширение церковного землевладения и получение ежегодно из государственного казначейства 3,5 тыс. руб. В 1842 г., при настоятеле архимандрите Леониде (Зарецком; 1836–1843 гг.), Могилёвский Братский монастырь был внесён в число обителей первого класса. Несколько архимандритов позднее были хиротонисаны: 10 января 1843 г. Леонид (Зарецкий) – во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии, 21 августа 1866 г. Павел (Доброхотов) – во епископа Вологодского и Великоустюжского, 22 августа 1871 г. Палладий (Ганкевич) – во епископа Выборгского, викария Санкт-Петербургской епархии, 15 февраля 1920 г. Серафим (Самойлович) – во епископа Угличского, викария Ярославской епархии. 13 февраля 1883 г. Синод принял решение о восстановлении Могилёвского православного братства, которое 19 октября 1897 г. во многом способствовало открытию Гомельского отделения, 8 марта 1898 г. – Мстиславского отделения Могилёвского братства. Накануне Первой мировой войны в Могилёвском Братском монастыре проживали 37 монахов. В 1918 г. обитель была закрыта, а в 1928 г. прекратилось богослужение в монастырских храмах. В 1929 г. в одном из частных домов на окраине Могилёва бывший настоятель игумен Митрофан (Туров), иеромонахи Тихон (Савченко) и Арсений (Томашёв) организовали подпольный монастырь, членами которого позднее стали бывший настоятель Белыничского мужского монастыря архимандрит Марк (Сидляр), киевские иеромонахи Иларион (Подопригорье) и Иринарх (Жабыко). В 1936 г. монастырь был ликвидирован, монахи осуждены на различные сроки заключения. В 1941 г., во время ожесточённой обороны города Могилёва от немецко-фашистских войск, зданиям на территории Могилёвского Братского монастыря был нанесён большой ущерб, сохранились лишь стены соборов и колокольня. В 1945 г. комиссия Управления по делам архитектуры при Совете министров БССР после осмотра территории обители приняла решение об их восстановлении и реставрации. Однако из-за недостатка финансирования после 1952 г. остатки строений Могилёвского Братского монастыря были разобраны. На месте обители был воздвигнут городской жилой массив, на месте Богоявленской церкви – детский сад. В Могилёвском Братском монастыре хранилась Могилёво-Братская икона Божьей Матери, с которой связано несколько преданий о чудесном спасении города: 19 марта 1655 г. – от тяжёлой осады польско-литовских войск гетмана пана Януша Радзивилла, о чём позднее вспоминали вкладчики обители, в 1708 г. – от соратников Александра Даниловича Меншикова, который хотел отомстить горожанам за антимосковское восстание 1661 г., в 1910 г. – от мощного пожара, уничтожившего значительную часть Могилёва.