Киевский митрополит Пётр (Могила) предоставил монахиням право продажи изготовляемых ими просфор и свечей на территории обители и в других местах. К 1648 г. часть сестёр была переселена в могилёвский Никольский монастырь. Но женский монастырь при Могилёвском Братском монастыре действовал до 1797 г., когда, несмотря на просьбы и протесты, его закрыл епископ Афанасий (Филиппович). В начале 1650 г. положение братчиков улучшилось после январских переговоров Киевского митрополита Сильвестра (Косова) с новым польским королём Яном II Казимиром Вазой, разрешившим вернуть православным могилёвцам «церковь святаго Спаса, монастыр с приходами». В сентябре 1654 г. при посредничестве братчика К.Ю. Поклонского и его сторонников могилёвцы открыли ворота города русским войскам. 4 сентября 1656 г. братчики получили благодарственное послание Киевского митрополита Сильвестра (Косова). 6 декабря 1657 г. могилёвский воевода Иван Васильевич Бутурлин получил грамоту от патриарха Московского и всея Руси Никона, который по просьбе братчиков запретил монахам Могилёвского Братского монастыря держать в городе корчму, в которой они «безчинствуют и продают вино». В середине XVII в. в Могилёвском Братском монастыре была возведена небольшая тёплая каменная церковь во имя апостола Иоанна Богослова, а в 1657 г. начато строительство четырёхъярусной колокольни (башни-звонницы), на которую в 1686 г. установлен колокол. Позднее к ней с одной стороны был пристроен каменный дом с погребами и амбарами, а с другой – деревянный дом и шесть каменных лавок. В 1661 г. насельники и братчики отказались впустить в город епископа Иосифа (Нелюбовича-Тукальского и вместе со своим игуменом Севастианом (Комаром) поддержали московского кандидата на кафедру епископа Мефодия (Филимоновича). Однако большинство могилёвских мещан были против их действий. Обитель сильно пострадала во время восстания жителей Могилёва против русской администрации в 1661 г., а также от действий шведских оккупационных войск в 1708 г., которые полностью разграбили Могилёвский Братский монастырь, забрали из него больше 150 серебряных предметов церковной утвари. Ущерб монастырю нанесли городские пожары 1664, 1666, 1748, 1810 и 1850 гг., после которых проводились масштабные реставрационные работы. В 1669 г. с разрешения короля в Могилёвском Братском монастыре при Иоанно-Богословской церкви было организовано так называемое Младшее братство. Его членами могли становиться неженатые мужчины и незамужние женщины, которые «делали по возможности между собою складки денежныя на церковныя той церкви надобности». Члены Младшего братства имели свою казну, самостоятельно избирали «отдельных старост, подстарост и шафарей». В 1676 г. была возрождена типография, в 1682 г. – школа. В XVII–XVIII вв. большую роль в управлении Могилёвским Братским монастырём играли старшие братчики. Они контролировали доходы и расходы обители, занимались благотворительностью и просвещением, финансировали ремонт Богоявленского собора, оплачивали деятельность училища, госпиталя и типографии.