Однако против братчиков был архидиакон Каллист Заленский, который поспособствовал удалению из Могилёвского Братского монастыря в Черниговскую епархию игумена Климента и лишению его права священнослужения. Каллист Заленский препятствовал церковным службам братчиков и не допускал в Могилёвский Братский монастырь городских священников. Фактически захватив власть в Могилёвской епархии, он надеялся стать преемником престарелого епископа Сильвестра (Четвертинского; ум. 14 февраля 1728 г.). Зимой 1727/1728 гг. Каллист Заленский захватил в Могилёвском Братском монастыре епископский архив и способствовал назначению наместником обители минского игумена Гедеона (Шишки). Архидиакон предпринял попытку своего избрания во епископа не в Могилёве, а в Мстиславле, не имея благословения ни от Киевского митрополита Варлаама (Вонатовича), ни от ставропигиальных братств. 26 июня 1728 г. братчики составили инструкцию для своих послов, которых они собирались отправить в Киев для подачи жалобы на действия Каллиста Заленского. 8 сентября 1729 г. митрополит Варлаам (Вонатович) назначил, а 30 января 1730 г. утвердил епископом Могилёвским Арсения (Берло), бывшего настоятеля киевского Межигорского в честь Преображения Господня монастыря. 10 марта 1730 г. архидиакон Каллист Заленский спровоцировал выступление братчиков и горожан против епископа Арсения (Берло). В итоге королевским манифестом 29 июля 1730 г. епископу Арсению (Берло) было запрещено служить на Могилёвской кафедре. Таким образом, вопрос о власти в Могилёвском Братском монастыре остался открытым. Лишь в 1732 г. архидиакон Каллист Заленский был наказан и затем сослан в Сибирь. 2 октября 1744 г. Могилёвскую епархию возглавил епископ Иероним (Волчанский), которому пришлось противостоять серьёзным нападкам католиков и униатов. 21 июля 1748 г. Смоленский и Дорогобужский епископ Гедеон (Докукин) обещал помочь братчикам и доставить им строевой лес, чтобы отремонтировать пострадавшие в пожаре постройки. В 1755 г. Могилёвский Братский монастырь впервые посетил новоизбранный епископ Могилёвский и Мстиславский Георгий (Конисский), возглавивший служение литургии в монастырском соборе. В третьей четверти XVIII в. в Могилёве усилилось религиозное и экономическое притеснение православных мирян и монашествующих, нарушались их законные привилегии. В 1765 г. епископ Георгий (Конисский) был вынужден жаловаться польскому королю Станиславу Августу II Понятовскому на ухудшение положения православных. До 1798 г. заметную административную роль среди братчиков в управлении Могилёвским Братским монастырём играл староста, избираемый ими на три года, а настоятель обители занимался лишь духовными вопросами. Положение Могилёвского Братского монастыря улучшилось в 1772 г., после пепрвого раздела Речи Посполитой, когда Могилёв вернулся в состав Российского государства. В 1798 г. по штатам Могилёвский Братский монастырь был отнесён к числу третьеклассных, в нём была учреждена архимандрития, игумен Иоасаф возведён в сан архимандрита.