Развитию Могилёвского Братского монастыря способствовали события осени 1632–1633 гг. Сначала братчики добились привилея от нового польского короля и Литовского великого князя Владислава IV Вазы, который в период своей элекции, нуждаясь в поддержке православных магнатов и шляхты, охотно подтверждал их права и выдавал новые привилеи, например, передал православным четыре церкви в Могилёве. 3 марта 1633 г. братия монастыря получила разрешение печатать книги для нужд новых православных школ (прежняя школа братчиков была захвачена униатами ещё в 1624 г.). В 1633 г. Константинопольский патриарх Кирилл I Лукарис, ранее преподававший в Острожской академии по приглашению князя Константина Константиновича Острожского, пожаловал братчикам ставропигию на Могилёвский Братский монастырь, что было нелишним в период фактического отсутствия власти православных епископов в Речи Посполитой. Однако Киевский митрополит Пётр (Могила), опасаясь политических последствий, грамотой от 4 ноября 1634 г. запретил братчикам дальнейшее устройство Могилёвского Братского монастыря, разъясняя им, что нельзя ставить в обители архимандрита без епископского благословения. При этом архиерей в другом послании от 4 ноября 1634 г. просил братчиков оказать ему материальную помощь, необходимую для проведения реставрационных работ в киевском Софийском соборе. Митрополит Пётр (Могила) уступил просьбам братчиков о дальнейшем устроении монастыря лишь 15 июля 1635 г., когда посетил Могилёв. 2 мая 1635 г. Виленское православное братство формально уступило обитель Могилёвскому православному братству. 1 августа 1636 г. в Могилёвском Братском монастыре был освящён собор в честь Богоявления (1633–1636 гг.). Впоследствии в нём устроили приделы в честь Сошествия Святого Духа на апостолов и Рождества Пресвятой Богородицы. По мнению исследователей, этому храму, построенному в стиле раннего барокко, близки по архитектуре городские Покровская и Успенская церкви, а также Никольский собор могилёвского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря. Московский стольник Пётр Андреевич Толстой, прибывший в Могилёв 30 марта 1697 г., отметил сходство Богоявленского храма с минским Петропавловским собором. В монастырском соборе «8 столпов, около шти столпов зделаны хоры. Строение в той церкве изрядной резной работы золоченое. Та церковь вся подписана стенным письмом изрядным, иконостас резной, золоченой, великой, изрядной работы». П.А. Толстой писал, что во время Страстной недели «в той церкве иконостас весь и святыя иконы завешены были крашениною вишневою, и по той крашенине писаны Страсти Христовы живописным добрым писмом». Служба в храме «отправляется греческаго обыкновения зело чинно, святыя иконы у столпов изрядных писем и зело богатым украшением убраны». Каменная трёхапсидная десятистолпная крестово-купольная базилика имела восьмигранные барабаны и купола, установленные в 1700 г., а также три башни. Ярусная композиция первоначального фасада завершалась двумя башнями и фигурным фронтоном между ними. В храме был установлен деревянный резной иконостас. В 1755 г. его оклад был выполнен из серебра могилёвским чеканщиком Петром Слизиком.