Сохранив за кардиналом Пьетро Гаспарри пост государственного секретаря, новый папа заявил о намерении продолжать внешнеполитическую линию своего предшественника. Заручившись таким образом поддержкой кардиналов, назначенных Бенедиктом XV, он приступил к проведению внутрицерковной политики в соответствии с традиционалистскими принципами папы Римского Пия Х, в память о котором он принял имя Пий XI (1922–1939 гг.). Сразу после избрания папа утвердил Рафаэля Мерри дель Валя в должности секретаря Конгрегации Sanctum Officium. Борьба с доктринальным модернизмом, начатая папой Пием Х, была продолжена в понтификат Пия XI. Одним из важнейших итогов деятельности Конгрегации Sanctum Officium стало послание «In generali consessu habito» от 1 декабря 1924 г., оформленное как ответ-разъяснение Адольфу Иву Мари Дюпарку, епископу Кемпера и Леона (1908–1946 гг.). Это послание, в котором подробно рассматривались 12 заблуждений, относящихся к философии, апологетике и теологии и осуждённых католической церковью, составило третью (после «Syllabus errorum» («Список заблуждений», 1864 г.) и декрета «Lamentabili sane exsitu» («С поистине плачевными результатами», 1907 г.)) часть традиционного учения Римско-католической церкви. Рафаэль Мерри дель Валь принял деятельное участие в формировании традиционалистского отношения к экуменизму. 11 апреля 1927 г. Конгрегация Sanctum Officium под руководством Рафаэля Мерри дель Валя выпустила циркуляр, предупреждавший епископов Римско-католической церкви и всех верующих (особенно в Германии) об опасности, исходящей от пропаганды различными некатолическими сообществами идей «союза трёх основных христианских конфессий». 8 июля 1927 г. Конгрегация Sanctum Officium обнародовала решение «Occasione conventus» о собраниях, именуемых конгрессами по единению всех христиан. Это решение было принято в преддверии планируемого в городе Лозанна (Швейцария) конгресса, претендовавшего на рассмотрение вопроса о всехристианском единстве. Указывалось на недопустимость участия католиков в подобных конгрессах, конференциях, ассамблеях и обществах. 6 января 1928 г. папа Пий XI в окружном послании «Mortalium animos» указал, что никто из отделившихся от церкви не должен рассчитывать на то, что ради единства с ними «Церковь пожертвует целостностью веры и станет терпеть их заблуждения». Декретом «Cum Supremæ» от 25 марта 1928 г. Конгрегация Sanctum Officium распустила и запретила священническую ассоциацию «Друзья Израиля» («Opus sacerdotale Amici Israel»). Основанная в Риме 24 февраля 1926 г., эта организация своей изначальной задачей ставила молитву за евреев; спустя два года она объединяла уже 19 кардиналов, около 300 епископов и около 3 тыс. священников. Однако вскоре поддержка ассоциацией утверждения о богоизбранности еврейского народа привела к началу дискуссии о введении литургических изменений в богослужение Великой пятницы с целью изъять из него молитву о «коварных иудеях».