Отношение к новому закону было различным среди католиков Канады и определялось их национальной и политической принадлежностью. Такой разброс мнений затруднял понимание ситуации Папским престолом. Для окончательного выяснения сложившегося положения Рафаэль Мерри дель Валь провёл беседы с представителями канадского епископата и различных политических групп и представил свои выводы в форме доклада. Выполнение возложенной на него миссии было высоко оценено папой Львом XIII, который отметил это в энциклике «Affari vos» от 8 декабря 1897 г., адресованной канадскому епископату и посвящённой вопросу об образовании в Манитобе. В Риме Рафаэль Мерри дель Валь вернулся к исполнению обязанностей действительного папского камергера, в дополнение к которым 6 июля 1898 г. был назначен советником Конгрегации «Индекса» (см. в ст. «Индекс запрещённых книг»). 23 октября 1899 г. Рафаэль Мерри дель Валь возглавил Папскую академию церковной знати; занимал этот пост больше трёх лет. В связи с назначением через несколько месяцев он был возведён в достоинство титулярного архиепископа Никейского (билет государственного секретариата от 5 апреля 1900 г.). Официальную преконизацию нового архиепископа папа Лев XIII совершил на тайной консистории 19 апреля 1900 г. В епископский сан Рафаэль Мерри дель Валь был рукоположён 6 мая 1900 г. в предоставленном испанской нации римском храме во имя Пресвятой Девы Марии (Санта-Мария-ди-Монсеррато) государственным секретарём кардиналом Мариано Рамполлой. В августе 1902 г. был официальным папским представителем на коронации английского короля Эдуарда VII (1901–1910 гг.). 20 июля 1903 г. скончался папа Лев XIII. 21 июля Рафаэль Мерри дель Валь был избран исполняющим обязанности секретаря конклава (обычно его функции исполнял прелат, занимавший должности секретаря консисториальной конгрегации и секретаря коллегии кардиналов, но назначенный 6 июля на эти должности Алессандро Вольпини скончался спустя три дня, а находившийся при смерти Лев XIII не мог сделать другое распоряжение). На начавшемся 31 июля конклаве основными претендентами на Папский престол считались кардиналы Мариано Рамполла дель Тиндаро и Джироламо Готти, однако ни один из них не набрал необходимого для избрания числа голосов. Рассматривалась кандидатура патриарха Венеции кардинала Джузеппе Сарто, который, однако, заявил о своей неготовности возглавить Римско-католическую церковь. Опасаясь того, что выборы папы затянутся на неопределённо долгий срок, декан Священной коллегии кардинал Луиджи Орелья ди Санто Стефано попросил секретаря конклава Рафаэля Мерри дель Валя поговорить с кардиналом Джузеппе Сарто. 3 августа между пятым и шестым турами голосования состоялась их краткая беседа. На следующий день утром кардинал Джузеппе Сарто был избран папой Римским и принял имя Пий X (1903–1914 гг.). Вечером 4 августа Рафаэль Мерри дель Валь прибыл на аудиенцию к папе с итоговыми документами конклава – посланиями об избрании понтифика. Дальнейшими делами должен был заниматься уже новый государственный секретарь, однако несмотря на то что Пий X знал Рафаэля Мерри дель Валя всего несколько часов, а тот не был кардиналом, на этой аудиенции папа назначил его исполняющим обязанности государственного секретаря.