Во внутрицерковных делах Рафаэль Мерри дель Валь был одним из вдохновителей и проводников антимодернистской политики Папского престола, официально начатой в 1907 г. декретом «Lamentabili» и энцикликой «Pascendi». Апостольской конституцией «Sapienti consilio» от 29 июня 1908 г. папа Пий Х провёл реформу Римской курии, разработанную под руководством государственного секретаря. 12 января 1914 г. папа Пий X назначил Рафаэля Мерри дель Валя на освободившиеся в декабре 1913 г. после кончины кардинала Мариано Рамполлы должности архипресвитера римской базилики святого Петра и префекта Конгрегации фабрики святого Петра. Со смертью Пия X Рафаэль Мерри дель Валь автоматически лишился полномочий государственного секретаря и сопряжённых с этим постом должностей. Как кардинал он участвовал в конклаве, состоявшемся 31 августа – 3 сентября 1914 г., где основное противостояние наблюдалось между теми, кто отдавал приоритет внутрицерковным вопросам («zelanti» – «ревностные»), и сторонниками активизации внешнеполитической деятельности церкви («politicani» – «политики»). В первом туре Рафаэль Мерри дель Валь, будучи одним из двух кандидатов «zelanti», набрал семь голосов и вошёл в четвёрку лидеров. Однако в условиях начавшейся Первой мировой войны на конклаве возобладала партия «politicani», сумевшая обеспечить необходимый для избрания максимум голосов своему кандидату – кардиналу Джакомо делла Кьезе, против которого Рафаэль Мерри дель Валь активно выступал, потребовав проведения пересчёта голосов. Несмотря на все усилия 3 сентября 1914 г. кардинал Джакомо делла Кьеза был избран на Папский престол; он взял себе имя Бенедикт XV (1914–1922 гг.). На следующий день новый папа назначил государственным секретарём кардинала Доменико Феррату. Рафаэль Мерри дель Валь, оставшийся в должности архипресвитера базилики святого Петра, продолжил службу в Ватикане. Своими главными задачами он считал сохранение достижений понтификата Пия X и ограждение традиций католицизма от радикальных нововведений. Вокруг Рафаэля Мерри дель Валя сложилась группа тех, кто желали продолжать политику Пия Х. Эта группа получила у современников название «Vaticanetto» (букв. – «малый Ватикан», «Ватиканчик»). 14 октября 1914 г. Рафаэль Мерри дель Валь возглавил верховную Конгрегацию Sanctum Officium. Бенедикту XV пришлось назначить его на этот пост в силу обстоятельств, которым папа не смог противостоять. Должность секретаря, возглавлявшего верховную дикастерию Римской курии, оказалась вакантной в связи с тем, что занимавший её кардинал Доменико Феррата стал государственным секретарём и 10 октября 1914 г. скончался (его место занял кардинал Пьетро Гаспарри). Выбрать нового руководителя дикастерии следовало из числа семи имевшихся на тот момент членов, среди которых трое были весьма преклонного возраста, один занимал пост генерального викария Рима и не мог принять на себя бо́льшую нагрузку, а оставшиеся трое, включая Рафаэля Мерри дель Валя, были известны как сторонники антимодернистской политики Пия Х.