Отношения ещё больше обострились, когда по просьбе митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) братство святителя Фотия при деятельном участии В.Н. Лосского подготовило отчёт о богословском содержании книги протоиерея С.Н. Булгакова «Агнец Божий», изданной в 1933 г. в Париже. В 1935 г. указами Московской патриархии от 7 сентября и от 27 декабря некоторые положения богословия протоиерея Сергия Булгакова были осуждены. В 1936 г. братством святителя Фотия была издана брошюра «Спор о Софии: “Докладная записка” протоиерея С. Булгакова и смысл Указа Московской Патриархии», написанная В.Н. Лосским, глубоко уважавшим протоиерея Сергия Булгакова, но считавшим своим христианским долгом указать на неприемлемые сотериологические следствия его софиологии. В этой работе В.Н. Лосский даёт ответ на возражения протоиерея Сергия Булгакова против критических тезисов, выдвинутых в его адрес митрополитом Сергием Булгаковым. Прежде всего, здесь отстаивается каноническая безукоризненность действий Московского патриархата в отношении протоиерея Сергия Булгакова. Далее рассматриваются недостатки методологии протоиерея Сергия Булгакова: сведение Священного Предания к «памятникам церковной культуры»; гностическая направленность, проявившаяся в поиске «онтологического моста» между Богом и сотворённым миром; недооценка богословского значения апофатизма. К недопустимым составляющим софиологической системы протоиерея Сергия Булгакова отнесены понимание Софии как особого ипостасного начала в Боге наряду с тремя Ипостасями; различение Сына и Святого Духа как мужского и женского начал; тезис о несотворённости или об условной сотворённости человеческого духа; аполлинарианские тенденции в понимании Христа (см. ст. Аполлинарианство); внесение страдания во внутритроичное бытие; понимание божественного Промысла как природно-софийного процесса, несовместимое с утверждением свободы Бога в воплощении и свободы человека в обожении. При этом в качестве основного недостатка богословских построений протоиерея Сергия Булгакова В.Н. Лосский выделяет смешение личности и природы. В 1936 г. по проекту братства святителя Фотия при активном содействии В.Н. Лосского Московским патриархатом был учреждён в Париже православный приход латинского обряда. В 1939 г. В.Н. Лосский получил французское гражданство. В этом же году познакомился с французским философом Жаном Андре Валем (1888–1974 гг.). Во время Второй мировой войны, 13 июня 1940 г., В.Н. Лосский отправился на юг Франции за отходящей французской армией, намереваясь вступить в её ряды. Однако, пройдя за неделю от Парижа почти до Бордо, он не встретил ни одного военного отряда. Путевые впечатления В.Н. Лосский изложил в дневнике «Семь дней на дорогах Франции: Июнь 1940» («Sept jours sur les routes de France: Juin 1940»), написанном в местечке Ла-Борнь возле Мартеля (департамент Ло), где среди парижских беженцев он встретил жену и детей. В рассуждениях В.Н. Лосского, включённых в дневник, намечен принцип богословского понимания кафоличности церкви – единство в различии. Подлинная кафоличность предполагает множество поместных церквей, существующих в различных христианских землях с их характерными культурными традициями и составляющих при этом единую церковь.