Во время восстания Эрменегильда, участники которого поддерживали кафолических клириков и преследовали ариан, баланс между вестготами-арианами и православным населением был нарушен. С целью облегчить возвращение вестготов, принявших кафолическую веру, в арианство Леовигильд отменил арианский обычай повторного крещения; позднее он отменил также исповедание веры Аримино-Селевкийского Собора, признав Сына равным Отцу, но отрицая равенство Святого Духа (см. ст. Духоборчество). Лояльность церковных иерархов к королю Леовигильду обусловила их отрицательное отношение к восстанию Эрменегильда. Испанские авторы игнорировали религиозные мотивы мятежников и умалчивали о роли Леандра в восстании. Упоминания об Эрменегильде и о его обращении в кафолическую веру отсутствуют как в актах третьего Толетского Собора, так и в письмах папы Римского Григория I Великого, отправленных в Испанию (в «Диалогах» Григорий I Великий прославлял Эрменегильда как мученика). У исследователей нет сведений о том, когда и при каких обстоятельствах Леандр вернулся в Испанию. В письме, составленном не раньше 591 г., Лициниан, епископ Нового Карфагена, упоминал, что «несколько лет тому назад» («ante paucos annos») Леандр «поспешно» прибыл в Испанию из «царского города» (Константинополя) и посетил Новый Карфаген («remeans de urbe regia... festinens pertransiit»). Исследователи полагают, что это произошло после подавления восстания Эрменегильда, но до кончины короля Леовигильда (весна 586 г.). Под 585 г. в «Хронике» Иоанна Бикларского сообщается: «Прославился Леандр, епископ Гиспальской церкви» («Leander Hispalensis ecclesiae episcopus clarus habetur»). Точное значение этой записи исследователям трудно установить; оно могло быть связано с возвращением Леандра в Испанию из Константинополя. Подавив мятеж Эрменегильда, король стал притеснять видных готов-кафоликов. Так, епископ Масона Эмеритский и аббат Иоанн Бикларский были на время отправлены в изгнание. Григорий I Великий в повествовании о кончине Леовигильда упоминал, что король «ранее жестоко притеснял» Леандра («quem prius uehementer adflixerat»). Исследователи полагают, что епископ также подвергся кратковременной ссылке. Папа Римский Григорий I Великий и Исидор Севильский приписывали Леандру решающую роль в отречении от арианства короля Реккареда I (586–601 гг.), младшего сына и преемника Леовигильда. Согласно преданию, изложенному Григорием I Великим, Леовигильд, испытывая раскаяние из-за гибели Эрменегильда, во время предсмертной болезни призвал Леандра и завещал ему обратить Реккареда в кафолическую веру. Менее чем через год после вступления на престол Реккаред принял православное крещение и на собрании арианских церковных иерархов заявил о намерении «вернуть весь народ готов и свевов к миру и единению с христианской церковью». Вскоре он передал православным церквам и монастырям ранее конфискованное у них имущество. На третьем Толетском Соборе (май 589 г.) арианство было запрещено, а православная вера стала официальной религией Вестготского королевства.