Д.С. Лихачёв – первый после возобновления этого звания Почётный гражданин Санкт-Петербурга (1999 г.). Награждён Сталинской премией (1952 г.), Государственной премией СССР (1969 г.), Государственной премией РФ (1993 г.), Премией Президента РФ в области литературы и искусства (1997 г.) и др. В 2000 г. Д.С. Лихачёву была посмертно присуждена Государственная премия РФ за развитие художественного направления отечественного телевидения и создание общероссийского государственного телеканала «Культура». Указом Президента РФ 2006 год был объявлен в России годом Лихачёва. По словам референта академика Ирины Анатольевны Лобаковой, Д.С. Лихачёв довольно иронично относился «ко всяким официальным знакам одобрения его деятельности, наградам и прочему», «не помнил всех своих правительственных наград», но «ценил своё звание первого Почётного гражданина Санкт-Петербурга (как знак восстановления прерванной традиции) и орден святого Андрея Первозванного». Имя Д.С. Лихачёва носят: площадь возле Биржевого моста и аллея близ ул. Орбели, школа №47 Петроградского района в Санкт-Петербурге, районная библиотека в Новосибирске, Российский научно-исследовательский институт культурного и природного наследия в Москве, Кабинет русской литературы и культуры в Российско-армянском государственном университете в Ереване и мн. др. Памятные доски были установлены в Санкт-Петербурге на доме, где Д.С. Лихачёв прожил с 1964 по 1999 гг. (второй Муринский просп., д. 34), и в Москве на доме, где находилась редакция журнала «Наше наследие» (первый Неопалимовский пер., д. 4); в атриуме Библиотеки иностранной литературы имени Маргариты Ивановны Рудомино в 2011 г. был открыт памятник Д.С. Лихачёву. Фондом имени Д.С. Лихачёва и правительством Санкт-Петербурга была учреждена ежегодная премия имени Д.С. Лихачёва, а Комитет по культуре проводит ежегодный международный конкурс «Созвездие талантов. Звезда Д.С. Лихачёва». Лихачёвские чтения с 2000 г. периодически проводятся в Пушкинском Доме, в Санкт-Петербургском гуманитарном университете профсоюзов, в Саратовском государственном университете имени Николая Гавриловича Чернышевского, в Пушкинском лицее №1500 и в гимназии №1503 Москвы, в школе №47 имени Д.С. Лихачёва в Санкт-Петербурге и др. На могиле Д.С. Лихачёва в Комарове установлен памятник, выполненный скульптором Владимиром Сергеевичем Васильковским; 30 ноября 2015 г. памятник Д.С. Лихачёву был открыт в Софии.