Логгин  довольно жёстко (до рукоприкладства) наставлял «всех под ним сущих клириков, не токмо иноков простых, но и от священного чина… и никто же смеяше слова рещи ему» («Акты исторические», том 2). Стремление Логгина обучать учеников выпевать одно песнопение на несколько распевов архимандрит Дионисий (Зобниновский) оценивал как «тщеславие» и «гордость». Среди учеников Логгина был его племянник Максим, которого он «научил пети на семнадцать напевов разными знамены, а иные славные стихи переводов не токмо по пяти, по шести, по десяти и больше». Овладение певческим искусством позволило Максиму стать священником Успенского собора Московского Кремля. Именно ему Логгин благословил обширнейший из переписанных им певческих сборников – «Стихирарь», также содержащий циклы песнопений в честь святителя Петра и Владимирской иконы Божьей Матери с обозначением авторства царя Ивана IV Васильевича Грозного, но знаменного распева (Сергиево-Посадский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник). Неприязненные отношения, сложившиеся между архимандритом Дионисием (Зобниновским), Иоанном Наседкой и некоторыми троицкими старцами с одной стороны, и Логгином и Филаретом – с другой, выражались в частых взаимных укорах и обвинениях. Иоанн Наседка считал, что Логгин «не научен бе догматом православия, и хитрость грамматическую и философство книжное порицал еретичеством». В свою очередь, Логгин заявлял Дионисию (Зобниновскому): «Везде вас умножилося неучёных сельских попов, людей учите, а сами не знаете, чему учите». Крайнее обострение эти отношения приобрели в связи с правкой книги Потребник (Требник), порученной, согласно царскому указу от 8 ноября 1616 г., архимандриту Дионисию (Зобниновскому), старцам Арсению Глухому (канонарху) и Антонию Крылову (книгохранителю), попу Иоанну Наседке и иным «разумным старцам». Отмечалось, что в монастырской библиоетеке много книг «для справки», а расходы возлагались на монастырскую казну. Ни Логгин, ни Филарет не были привлечены к редакторской работе, поэтому они особенно ревностно оценивали результаты правки. После выхода книги в 1618 г. они обвинили справщиков Потребника в ереси. На Соборе, состоявшемся в том же году, Логгин яростно выступил против них, т.к. исправления противоречили Уставу в его редакции (исследователи полагают, что с этого момента началась и критика первопечатного Устава Логгина); архимандрит Дионисий (Зобниновский) и его соратники были осуждены. Однако после восшествия на патриарший престол Филарета (Романова) и проведения консультаций с Иерусалимским патриархом Феофаном IV, а позднее и с Александрийским патриархом Герасимом I Спарталиотом справщики были оправданы. В 1619 г. архимандрит Дионисий (Зобниновский) вернулся в Троице-Сергиев монастырь. В том же году в преклонном возрасте («стар сый») умер уставщик Филарет. По смерти друга Логгин как уставщик возглавил весь монастырский хор. После кончины Логгина его имя было записано в синодики обители (Российская государственная библиотека). И в чудовском, и в троицком Стихирарях, написанных Логгином, внимание исследователей, прежде всего, привлекают циклы песнопений в честь святителя Петра и Владимирской иконы Божьей Матери, содержащие стихиры «творения» царя Ивана IV Васильевича Грозного.