Сразу после венчания на царство Лжедмитрий I принял новый титул, в котором именовался «наисветлейшим и непобедимейшим... цесарем» как России, так и «всех Татарских царств». В латиноязычных грамотах, выходивших из канцелярии Лжедмитрия I, с конца 1605 г. вместо «цесаря» употреблялся термин «imperator». Использование этого титула в сфере внешних контактов (во внутренней переписке употреблялся традиционный титул) привело к осложнениям в отношениях с Речью Посполитой, которая отказалась этот титул признать. Споры об этом шли до самой смерти Лжедмитрия I. Отношения нового монарха с духовенством носили, в основном, традиционный характер. Единственным пострадавшим во время войны архиереем был Астраханский епископ Феодосий, который был взят в плен жителями восставшей против Бориса Годунова Астрахани и отослан в Москву. Однако Феодосий сохранил за собой кафедру, в апреле 1606 г. ему в обмен за 1700 руб., внесённых в царскую казну, был передан учуг Коклуй, принадлежавший раньше астраханскому во имя Святой Троицы монастырю. 8 мая 1606 г. Феодосий участвовал в коронации Марины Мнишек. Все другие архиереи сохранили за собой кафедры, лишь Ростовский митрополит Кирилл IV (Завидов) ушёл на покой, но произошло это в апреле 1606 г. и никак не было связано с событиями времени борьбы за трон. Его место занял возвращённый из ссылки Филарет (Романов). При Лжедмитрии I предполагалось даже укрепление роли церковной иерархии в управлении страной. По образцу порядков, существовавших в Польско-Литовском государстве, верховным органом управления должен был стать сенат, в состав которого вошли бы члены Боярской думы и архиереи. Уже при царе Борисе Годунове созывались совместные заседания Боярской думы и освящённого Собора для решения тех или иных вопросов. Теперь такая практика должна была стать постоянной. Как члены сената патриарх и епископы участвовали в приёме польских послов в мае 1606 г., располагаясь по правую сторону от царского трона. Изучение отношений Лжедмитрия I с православным духовенством для исследователей затрудняется тем, что у церковных властей в последующее время не было стимулов, для того чтобы сохранять жалованные грамоты самозванца и воспроизводить записи о сделанных им вкладах. Всё же сохранились записи о вкладах Лжедмитрия I в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы, в Краснохолмский Антониев во имя святителя Николая Чудотворца (драгоценные сосуды, Евангелие «литовской печати» в дорогом окладе), во владимирский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыри. Архимандрит владимирского Рождественского монастыря Исаия (Лукошко) стал духовником Лжедмитрия I. В связи со сменой монарха духовные учреждения нуждались в получении новых жалованных грамот, которые подтверждали бы за ними их владения и различные права; при этом (насколько исследователи могут судить по сохранившимся материалам) удостоверялись прежние пожалования. Так, без каких-либо серьёзных изменений были подтверждены 15 сентября 1605 г. на имя патриарха Игнатия жалованные грамоты Ивана IV Васильевича митрополиту Афанасию. В грамотах признавались не только права на владения, но и право на получение руги, предоставлялось освобождение от разных пошлин в пользу государства.