В феврале 1942 г. Евфросиния заболела и не могла выходить на работу. Хохрин велел назначенной им фельдшерице не выписывать ей освобождение от работы и лишил её пайка. Это стало последней каплей, и 26 февраля 1942 г. она попыталась убить Хохрина, но в последний момент передумала и сбежала из села, благо оно совсем не охранялось. Позже Евфросиния выяснила, что доносы Хохрина на её имя тогда не дошли до НКВД, потому что зимой лесозаготовки были отрезаны от районного центра. Тем не менее, весной НКВД их получил, и люди оттуда приехали в Суйгу и, обнаружив, что Евфросиния исчезла, объявили её в розыск. Путь побега пролегал по всей Западной Сибири. Евфросиния несколько дней шла по руслам рек на запад и перешла с правого берега Оби на левый. В первой же встреченной ею деревне Нарга она узнала, что НКВД велел коренным жителям Сибири сдавать ему беглых ссыльных. Не имея первое время чёткой цели, она чаще всего ночевала в лесу и реже – в помещениях. Зима в той местности была сезоном заготовки топлива, и на пропитание Евфросиния зарабатывала заготовкой дров для местных жителей. Затем, будучи в селе Парабель, решила идти в Омск, но на пути ей стали часто попадаться мёртвые деревни и, сильно мучаясь от голода, Евфросиния повернула обратно к селу Бакчар. По пути в одном из лесных посёлков она застала ссыльных поляков, чьи условия содержания были лучше, т.к. их содержание оплачивали Англия и США. От них она узнала, что в Томске формируется польская армия, которая будет воевать с фашистами. Евфросиния решила пойти туда к польскому консулу и, сославшись на своё происхождение по линии отца, записаться в польскую армию в качестве медсестры. Но этот план также не удался, потому что Томск находился на правом берегу Оби, а Евфросиния – на левом, и когда она пришла туда, то застала ледоход. Реку можно было переплыть только на пароме, но для этого требовалось показать документы, которых у Евфросинии не было. Тогда она решила идти дальше на юг. Всего Евфросиния находилась в бегах шесть месяцев, и прежде чем её схватили, она прошла по тайге полторы тысячи километров. Весной и летом 1942 г. она несколько раз сталкивалась с последствиями «Закона о трёх колосках», когда множество деревень и сёл в глубине РСФСР пришли в запустение. За этот период её три раза задерживали из-за отсутствия документов и подозрений в шпионаже, но по чистой случайности потом отпускали. 24 августа 1942 г. её окончательно задержали, опять же из-за отсутствия документов, и доставили в КПЗ районного центра Краснозерское Новосибирской области. На допросах в КПЗ Евфросиния ничего не скрывала. Её незаурядность и знания иностранных языков навели районного следователя на мысль отличиться по службе, и он обвинил её в шпионаже, ссылаясь на якобы найденный недалеко в степи парашют, на котором её сбросили, после чего Евфросинию на поезде отправили в Тюрьму №1 в Барнауле. Там её неделю держали в одиночной камере. В своих мемуарах Евфросиния вспоминала, что эта неделя «оказалась самым светлым периодом на протяжении (её) ближайших лет», хотя в её камере почти никогда не горел свет (в те редкие минуты, когда его зажигали, она видела, что все стены исцарапаны надписями «Я не виновен!», повторяющимися много раз).