Вскоре её как ветеринара по специальности вызвали на лагерную свиноферму, в которой разразилась эпидемия неизвестной болезни. Евфросиния вызвалась спасти умирающих свиней, определив с помощью анализов, как их лечить, и сделав им необходимые прививки. Она очень рисковала, т.к. Сарра Гордон советовала ей не браться за эту работу, потому что, если бы прививки не помогли, то Евфросинию (учитывая, что она была только фельдшером) могли обвинить во вредительстве и расстрелять. Однако свиней удалось спасти, и Евфросиния принялась налаживать работу свинофермы. Её работа ветеринаром не устраивала лагерное начальство, потому что она отказывалась подписывать фиктивные акты о гибели свиней, по которым охранники могли получать парное мясо сверх им положенного. Несмотря на предыдущие события, Евфросиния продолжала действовать прямодушно, открыто высказывала всё, что думала (в частности, покритиковала Владимира Маяковского за его антирелигиозную поэзию), и это послужило поводом для доносов на неё. Сначала её перевели со свинофермы на строительство клуба комсомола – Евфросиния не знала, что это всегда делали с заключёнными, которых собирались повторно арестовать. 18 апреля 1944 г. Евфросиния была вновь арестована, и её посадили в подземную тюрьму лагеря. 22 июня постоянная сессия Новосибирского областного суда по делам ИТЛиК НКВД на основании статьи 58–10 приговорила Евфросинию к ещё десяти годам лишения свободы и пяти годам поражения в гражданских правах. Неотбытая мера наказания предыдущего приговора поглощалась данным приговором, из-за чего вместо оставшихся восьми лет ей осталось сидеть десять. После приговора суда Евфросинию перевели в барак усиленного режима лагеря Ельцовка под Новосибирском к уголовникам-рецидивистам, где она работала в прачечной, вручную стирала окровавленное белье, доставленное с фронта. Вскоре её с другими рецидивистами отправили в Крастоярск. Там, в порту Злобино, где Норильский горно-металлургический комбинат отбирал заключённых для работы, она вместе с другими заключёнными занималась погрузкой барж. Затем её вместе с остальными повезли в общей каюте по Енисею в Норильск. Во время пути Евфросиния заступилась за учёного профессора Николая Фёдоровского, над которым издевались уголовники, за что была ими избита, но осталась жива. В Норильск Евфросиния прибыла в августе 1944 г. и работала там на строительстве пятиэтажного городского дома. Асфальтировать крышу порой приходилось на четвереньках, и она повредила ногу. Её не лечили, и болезнь перешла в общее заражение крови. Только когда у Евфросинии началась лихорадка, её госпитализировали в Центральную больницу Норильского лагеря и вовремя прооперировали, успев спасти ногу. В своих мемуарах Евфросиния описывает больницу, как «оазис в аду» – почти весь её медперсонал тоже состоял из заключённых, но, будучи профессионалами, они все происходили из интеллигенции и поэтому старались создать для пациентов максимально хорошие условия. Когда Евфросиния выздоровела, её оставили работать в больнице медсестрой. Работала она сразу в нескольких отделениях, а большую часть своего пайка отдавала пациентам.