Затем её перевели в общую камеру Внутренней тюрьмы НКВД, и начались ночные допросы, при этом днём ей спать не давали. Дело вели три следователя, которые применяли к ней разную тактику допросов и психологической обработки. Когда Евфросиния отказалась в очередной раз признавать свою «вину», версия о шпионаже развалилась, и Евфросинию пришлось отправить туда, откуда она бежала из ссылки. Её переправили в пересылочную тюрьму Новосибирска и осенью 1942 г. доставили под конвоем на теплоход, который по Оби доставил её обратно в Нарымский округ. Всю зиму 1942 г. Евфросиния провела в не отапливаемой камере предварительного заключения в селе Молчаново. На допросах её обвиняли в «антисоветской пропаганде» и в «критике распоряжений начальства». У прокурора она ознакомилась с материалом следствия, построенном на доносах Хохрина, и отказалась подписаться под измышлениями следователей. Начальник местного НКВД пытался угрозами принудить её подписать материалы дела, но запугать Евфросинию ему не удалось, а попытка избить её у него сорвалась – Евфросиния сумела дать силовой отпор. Ей были предъявлены обвинения по статье 58–10, части второй («клеветала на жизнь трудящихся в СССР») и по статье 82, части 2 («совершила побег из места обязательного поселения»). Выездная сессия судебной коллегии Нарымского окружного суда Новосибирской области вынесла ей приговор – расстрел. Ей было предложено написать прошение о помиловании (это было средством выбить у неё признание своей «вины»), но она отказалась просить помилования. 24 февраля 1943 г. расстрельный приговор заменили десятью годами исправительно-трудовых лагерей и поражением в гражданских правах на пять лет, после чего пешим этапом вместе с другими заключёнными отправили в Томск. Евфросиния, и без того страдая от сильного недоедания, с трудом его выдержала. Там, в Томской области, она попала в лагпункт №3 Межаниновка, где какое-то время работала бондарем, затем занималась выжиганием в местной художественной мастерской. Только благодаря своему бригадиру ей удавалось уложиться в норму. В этот период в исправительных лагерях была массовая гибель людей от голода и пеллагры и лишь благодаря помощи лагерного врача Сарры Гордон Евфросиния попала в лагерный стационар, где сумела не заболеть. Затем в июне 1943 г. её переправили в лаготделение №4 на станции Ельцовка под Новосибирском, где Евфросиния работала в ночной смене в шапочной мастерской в бригаде по починке шапок, привезённых с фронта, а днём – в подсобном хозяйстве, где подкреплялась сырыми овощами. Но в сентябре Евфросиния лишилась этой работы, потому что половину своего пайка и те овощи, которые могла тайком принести с поля, она отдавала беременной солагернице Вере Таньковой (в мемуарах Евфросиния пишет, что та была из рода Невельских), а не своему бригадиру (как того требовал негласный свод правил среди заключённых). Её перевели в лагерь на строительство военного завода под Новосибирском, где заключённые работали без применения строительных механизмов: в начале зимы 1943 г. Евфросиния возила тачки с раствором и материалами по трапам на пятый этаж.