Формальным поводом для увольнения стала его статья «Граф Л.Н. Толстой и св. Иоанн Златоуст в их взглядах на жизненное значение заповедей Христовых», опубликованная в сборнике «О религии Л. Толстого» (М.: «Путь», 1912 г.). С докладом на основе этой статьи В.И. Экземплярский выступил 30 октября 1911 г. на закрытом собрании Киевского Религиозно-философского общества. Согласно резолюции митрополита Киевского и Галицкого Флавиана (Городецкого) от 16 апреля 1912 г., преподаватели Киевской духовной академии, Киевской духовной семинарии, Подольского и Софийского духовных училищ и двух женских духовных училищ должны были покинуть Киевское Религиозно-философское общество. Из состава общества были вынуждены выйти профессора П.П. Кудрявцев (председатель общества), В.З. Завитневич (член Совета), доценты Киевской духовной академии В.Д. Попов (товарищ председателя) и Иван Пименович Четвериков, преподаватель Киевской духовной семинарии А.И. Максаков (казначей), преподаватель Киево-Софийского духовного училища В.С. Костецкий (кандидат в члены Совета). Обществу был нанесён значительный урон: во-первых, официально был запрещён диалог богословов и философов, который начал формироваться как общественное явление с момента возникновения столичных Религиозно-философских собраний (1901–1903 гг.); во-вторых, общество лишилось самых деятельных своих членов, двое из которых были его основателями. В ноябре 1912 г. председателем общества был избран В.И. Экземплярский. В 1915 г. возникла и обсуждалась идея издания ежемесячного журнала «Христианская мысль». Не являясь официально органом Киевского Религиозно-философского общества, что сузило бы круг авторов журнала в связи с запретом преподавателям духовных учебных заведений участвовать в деятельности общества, журнал «Христианская мысль» (1916–1917 гг.), тем не менее, фактически был таким органом, поскольку издателем и редактором его стал В.И. Экземплярский, в феврале 1916 г. вновь избранный председателем Киевского Религиозно-философского общества. В журнале печатались доклады, прочитанные на заседаниях общества, статьи членов Киевского Религиозно-философское общество. Авторами журнала были также члены Московского (Сергей Николаевич Булгаков, Владимир Францевич Эрн, Николай Александрович Бердяев, Сергей Николаевич Дурылин) и Санкт-Петербургского (протоиерей Константин Маркович Аггеев, Сергей Алексеевич Аскольдов (см. Сергей Алексеевич Алексеев)) Религиозно-философских обществ. В 1917–1919 гг. в Киевском Религиозно-философском обществе председательствовал В.В. Зеньковский. В это время общество насчитывало около сотни членов и объединяло не только богословов и философов, но и историков, литераторов, экономистов, врачей.