В состав Совета общества с 1908 по 1912 гг. неизменно входили преподаватели Киевской духовной академии, Киевской духовной семинарии и духовных училищ: В.З. Завитневич, Василий Дмитриевич Попов, В.С. Костецкий, А.И. Максаков. Они составляли большинство в обществе и считали, что преобразования в церковной жизни возможны только с православных позиций. Это сближало Киевское Религиозно-философское общество с Московским так называемым Соловьёвским Религиозно-философским обществом, участники которого видели свою задачу в том, чтобы деятельность общества имела практическое значение. Создатели Московского Религиозно-философского общества считали себя приверженцами идей Владимира Соловьёва и стремились с христианской точки зрения осмысливать все стороны жизни. В программном докладе председателя Киевского Религиозно-философского общества П.В. Тихомирова «Современные задачи религиозной мысли и практики» (25 апреля 1908 г.) утверждалось, что «современное Православие находится в упадке и как теоретическая доктрина, и как практическая сила». В качестве его оппонента выступил товарищ председателя П.П. Кудрявцев (доклад «О мерах к религиозному возрождению России», 30 октября 1908 г.), который в отличие от П.В. Тихомирова говорил не о кризисе, а о «религиозном движении», о необходимости «практического созидания религиозной жизни, а не одного только теоретического и академического обсуждения вопросов религии». Причину идейных разногласий, которые вызвали дискуссии на всех заседаниях Киевского Религиозно-философского общества, исследователи видят в расплывчатой формулировке §1 устава, определявшего цель общества как «всестороннюю разработку вопросов религии и философии». Таким образом, уставные формулировки оказались шире идейной платформы большинства создателей Киевского Религиозно-философского общества, стремившихся к христианскому осмыслению существующих реалий. Члены Религиозно-философского общества видели свою задачу в том, чтобы обратить ко Христу тех, кто «искал Бога на ложных путях». В связи с тем, что на заседаниях общества широта обсуждаемых проблем заслоняла темы, связанные с православием, в Киевском Религиозно-философском обществе была создана особая православная секция журнала «Христианская мысль». Февраль 1910 г. стал переломным моментом в истории общества. Двухлетняя дискуссия, проходившая между П.В. Тихомировым, видевшим перспективу развития общества вне связи с православной церковью, и членами совета общества (товарищем председателя П.П. Кудрявцевым, В.З. Завитневичем, В.И. Экземплярским и др.), для которых не существовало абстрактной религиозности, а быть христианином означало принадлежать к церкви, завершилась (с перевесом позиции второго направления) тем, что председателем был избран профессор П.П. Кудрявцев. 10 апреля 1912 г. Святейший Синод издал указ об увольнении В.И. Экземплярского, экстраординарного профессора кафедры нравственного богословия Киевской духовной академии, члена Совета Киевского Религиозно-философского общества, «вследствие признания преподавательской деятельности его несогласною с требованиями Высочайше утверждённого устава духовных академий и вредною» («Труды Киевской духовной академии», 1913 г., том 1).